$ stringtie --merge -p 8 -G chrX_data/genes/chrX.gtf -o stringtie_merged.gtf chrX_data/mergelist.txt chrX_data/mergelist.txt:各个gtf路径放在里面。 5、估计表达丰度 stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/ERR188104/ERR188104_chrX.gtf ERR188104_chrX.bam 6、加载 ...
Ballgown ()是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 一、数据下载Linux系统下常用的下载工具是wget,但该工具是单线程下载,当使用它下载较大...
1、使用HISAT进行测序片段的比对 RNA测序数据分析的第一步是将测序数据比对到参考基因组上,以便于明确它们的位置。 这一步骤的实现有赖于BWT数据结构和FM索引(两个专业名词,无需掌握) RNA测序的比对软件需要面对的另一个问题是许多RNA测序片段跨越了内含子 HISAT使用了两种索引文件,一大(全基因组索引)一小(局部索引...
5、运行stringtie,如果图省事,直接按照这个命令运行即可: stringtie ${file} -p 25 -G ${gtf} -o ${output};? 5.1、每个样本先运行一次stringtie,以GRCh38作为注释文件,生成各自拼接的转录本, stringtie ${file} -p 25 -G ${gtf} -o ${output} 5.2、把每个生成的转录本合并成一个完整的转录本,代表...
Stringtie:组装与定量工具。 Ballgown:为差异表达计算工具 主要流程图 具体步骤 1、创建index 首先利用下面脚本提取剪接信息(有参考GFF前提下,没有忽略此步): $ extract_splice_sites.py chrX_data/genes/chrX.gtf >chrX.ss $ extract_exons.py chrX_data/genes/chrX.gtf >chrX.exon ...
准备好之后,运行: 命令如下: stringtie ${file} -p 25 -G merged.gtf -o ${output} -B -e 这里需要注意的是注释文件的改变。-B 参数用来生成后续软件 (如 ballgown)所需文件,-e 参数表示只对参考注释文件中的转录本 进行定量。 生成结果如图所示(单个样本): e 即外显子、i 即内含子、t 转录本;e...
一步一步教你做转录组分析(HISAT,StringTieandB allgown) 该分析流程主要根据2016年发表在NatureProtoco ls上的一篇名为Transcript-levelexpression analysisofRNA-seqexperimentswithHISA T,StringTieandBallgown的文章撰写的,主要用到 以下三个软件:HISAT()利用大量FM索引,以覆盖整个 基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因...
$ condainstall stringtie $ condainstall samtools 三、分析流程 1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上,使用者可以提供注释文件,但HISAT依旧会检测注释文件没有列出来的剪切位点。 2、比对上的reads将会被呈递给StringTie进行转录本组装,StringTie单独的对每个样本进行组装,在组装的过程中顺带估算每个基因及isoform的表...
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Here we present two popular pipelines for RNA-seq data analysis, using open-source software tools HISAT–StringTie–Ballgown and TopHat–Cufflinks. To meet the need of plant scientist, we describe in detail how to perform such comprehensive analysis beginning with raw RNA-seq reads and available...