$ stringtie --merge -p 8 -G chrX_data/genes/chrX.gtf -o stringtie_merged.gtf chrX_data/mergelist.txt chrX_data/mergelist.txt:各个gtf路径放在里面。 5、估计表达丰度 stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/ERR188104/ERR188104_chrX.gtf ERR188104_chrX.bam 6、加载 ...
StringTie 下载安装 mkdir stringtie cd stringtie wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-2.1.4.tar.gz tar -zxvf stringtie-2.1.4.tar.gz make vim .bash_profile i PATH=$PATH:/home/wbq/stringtie/stringtie-2.1.4 source .bash_profile echo $PATH 使用 有参考基因组文件 stringtie/h...
StringTie(http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/)能够应⽤流神经⽹络算法和可选的de novo组装进 ⾏转录本组装并预计表达⽔平。与Cufflinks等程序相⽐，StringTie实现了更完整、更准确的基 因重建，并更好地预测了表达⽔平。Ballgown (https://github.com/alyssafrazee/ballgown)是R语⾔中基因差异...
今天给大家分享一下nature protocol上8月11号刚发的转录组分析新流程HISAT, StringTie and Ballgown(查看原文可以看到)。至此tophat-cufflinks可以说拜拜了。 首先了解一下几个工具作用; HISAT:比对工具了,类似于昨天讲的tophat2; Stringtie:组装与定量工具。 Ballgown:为差异表达计算工具 主要流程图 具体步骤 1、创...
准备好之后,运行: 命令如下: stringtie ${file} -p 25 -G merged.gtf -o ${output} -B -e 这里需要注意的是注释文件的改变。-B 参数用来生成后续软件 (如 ballgown)所需文件,-e 参数表示只对参考注释文件中的转录本 进行定量。 生成结果如图所示(单个样本): e 即外显子、i 即内含子、t 转录本;e...
ballgown最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另一种差异表达分析包,如DESeq2。但是从stringtie中,无法得到每个基因(甚至转录本的)的原始read counts,只能得到FPKM。因此,并不能换分析。要换的话,也得从定量开始。不过可以得到每个转录本的外显子的read counts。
ndainstallstringtie$condainstallsamtools 三、分析流程1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上, 使用者可以提供注释文件,但HISAT依旧会检测注释文件 没有列出来的剪切位点。2、比对上的reads将会被呈递 给StringTie进行转录本组装,StringTie单独的对每 个样本进行组装,在组装的过程中顺带估算每个基因及iso ...
RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件:HISAT (http://ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml)利用大量FM 索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对,相较于STAR、Tophat,该软件比对速度快,占用内存少。 StringTie(http://ccb.jhu....
$ condainstall stringtie $ condainstall samtools 三、分析流程 1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上,使用者可以提供注释文件,但HISAT依旧会检测注释文件没有列出来的剪切位点。 2、比对上的reads将会被呈递给StringTie进行转录本组装,StringTie单独的对每个样本进行组装,在组装的过程中顺带估算每个基因及isoform的表...
Here we present two popular pipelines for RNA-seq data analysis, using open-source software tools HISAT–StringTie–Ballgown and TopHat–Cufflinks. To meet the need of plant scientist, we describe in detail how to perform such comprehensive analysis beginning with raw RNA-seq reads and available...