perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
samtools view-bS/home/yt/Documents/数据/chrX_data/results/hisat2/ERR188044.sam>/home/yt/Documents/数据/chrX_data/results/stringtie/ERR188044.bam 排序: samtools sort/home/yt/Documents/数据/chrX_data/results/stringtie/bam/ERR188044.bam/home/yt/Documents/数据/chrX_data/results/stringtie/bam/ERR...
stringtie ${id}.sort.bam -p 16 -G /disk/zhanglu/smart-seq/ref/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.104.chr.gtf -e -B -o ${id}.gtf done -p 线程数,默认为1 -G 使用注释好的gtf文件辅助组装,在-e未设置的条件下,输出中包括注释文件中的转录本和预测的新型转录本 -e 只统计可以匹配...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生! 我五年前做过生物信息学百款软件教程: Web-app: we...
sam = rules.hisat2.output.sam output: bam = config['output_folder'] + "output.bam/{srr}.bam" threads: 8 shell: """ samtools sort -@ {threads} -o {output.bam} {input.sam} """ rule stringtie: input: gtf = config['gtf_folder'], ...
可执行文件的位置 # 单端或双端测序,单端为SE, 双端为PE # phred33 或者-phred64 指定碱基质量编码,如果未指定,则自动识别。Illumina 使用-phred33 # -threads 指定使用的线程数 # 指定处理后的数据所放置的位置,单端测序如前所示,双端测序如下: ./00Rawdata/${i}_1.fastq.gz ./00Rawdata/${i}_2....
## hisat2 -q -x ./ucsc.hg19 -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -S alns.sam --known-splicesite-infile splicesites.txt -t index时输出的信息 index之后会生成 二,stringtie 比对完之后,就要确定基因或者转录本的表达量了。这里用到了第一步用到的gtf文件。
技术标签:转录组软件RNA-seq分析Hisat2Stringtiecount计数 替换镜像源,提高下载速度 为了提高下载速度,我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站 备份 cd /etc/apt/ sudo cp source.list source.list.bk 替换 sudo sed -i ‘s/http/https/g’ sources.list sudo sed...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!