3. Ballgown (github.com/alyssafrazee)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 2. 流程介绍 1、使用HISA
TransDecoder预测CDS：识别转录本序列中的潜在编码区域，预测蛋白质编码区。过滤：设定50的ORF长度阈值，过滤掉较短的编码蛋白新基因，降低假阳性率。合并已知基因与预测基因：整合所有基因，包括已知和预测的新基因。Ballgown差异表达分析准备Ballgown文件：利用StringTie生成的表达文件作为Ballgown的输入。差异分...
# Run the differential expression analysis protocol using 'Ballgown' 这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,...
可以使用一些工具来自动从这些数据库中提取所需信息，例如TransDecoder或FEELnc。
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stringtie -p 10 -o 11sbam/$id.gtf 09bam/$id.s.bam done 使用TransDecoder将结果整理成evm输入格式 /public/home/fengting/tools/TransDecoder-v5.5.0/util/gtf_genome_to_cdna_fasta.pl H7L1.gtf/public/home/fengting/task/222anno/06/H7L1.arrow.polish.fasta.masked>transcripts.fasta/public/home/...