该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
stringtie -p 10 -o 11sbam/$id.gtf 09bam/$id.s.bam done 使用TransDecoder将结果整理成evm输入格式 /public/home/fengting/tools/TransDecoder-v5.5.0/util/gtf_genome_to_cdna_fasta.pl H7L1.gtf/public/home/fengting/task/222anno/06/H7L1.arrow.polish.fasta.masked>transcripts.fasta/public/home/f...
TransDecoder预测CDS：识别转录本序列中的潜在编码区域，预测蛋白质编码区。过滤：设定50的ORF长度阈值，过滤掉较短的编码蛋白新基因，降低假阳性率。合并已知基因与预测基因：整合所有基因，包括已知和预测的新基因。Ballgown差异表达分析准备Ballgown文件：利用StringTie生成的表达文件作为Ballgown的输入。差异分...
可以使用一些工具来自动从这些数据库中提取所需信息，例如TransDecoder或FEELnc。
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!
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