上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对,相较于STAR、Tophat,该软件比对...
而使用高效比对器如HISAT2的StringTie是最高效的基于比对的方法（比无需比对的工具慢一个数量级）。
$ hisat2-buildgenome.fagenome 2. 利用hisat2比对到基因组: hisat2 -p 8 --dta -x genome -1 file1_1.fastq.gz -2 file1_2.fastq.gz -S file1.sam hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 file2_1.fastq.gz -2 file2_2.fastq.gz -S file2.sam 备注:--dta:输出...
HISAT2-StringTie-Ballgown有参转录组数据分析 参考文献: Pertea M, Kim D,Pertea G M, et al. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experimentswith HISAT, StringTie and Ballgown.[J]. Nature Protocols, 2016, 11(9):1650. 1.clean reads质量检验: 用fastqc检验clean reads质量,代码如下...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!
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Hisat2/StringTie/Ballgown转录组数据分析实例(拟南芥) 参考文章 https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/hista/hisat2-paired-rnaseq.html 下载数据 直接利用参考文章里的shell脚本 代码语言:javascript 复制 SEQLIBS=(SRR8428909SRR8428908SRR8428907SRR8428906SRR8428905SRR8428904)forseqlibin${SEQLIBS[@]};do...
HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 ...
## hisat2 -q -x ./ucsc.hg19 -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -S alns.sam --known-splicesite-infile splicesites.txt -t index时输出的信息 index之后会生成 二,stringtie 比对完之后,就要确定基因或者转录本的表达量了。这里用到了第一步用到的gtf文件。
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...