stringtie -e -B -p 4 wt_Rep1.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep1/athaliana_wt_Rep1 stringtie -e -B -p 4 wt_Rep2.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep2/athaliana_wt_Rep2.count -A athaliana_wt_Rep2/wt_Rep2_gene_abun.out stringtie -e...
3. Ballgown (github.com/alyssafrazee)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 2...
7. 转录本定量和下游ballgown软件原始文件构建: $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file1/file1.gtf file1.bam $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file2/file2.gtf file2.bam 8. Ballgown差异表达分析: >library(ballgown) >library(R...
samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件 Ballgown的安装 分析,需提供一个分组信息; 0.数据质控(QC): Ubuntu软件包内自带Fastqc,故安装命令apt-get...
Hisat2+stringtie+ballgown Hisat2+stringtie+ballgown #加载module中的hisat2 module load RNAseq_hisat2 在下面操作开始前,需先进性mkdir文件的创建,输入和输出的文件前面都加上了文件的绝对路径,例如:/home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/ #建索引:hisat2-build...
Hisat2, Stringtie and Ballgown workflow 测试数据 包含12个样本的RNA-seq序列共2.0G,样本分别来自GBR(英国人来自英格兰)和YRI(约鲁巴人来自尼日利亚伊巴丹)。(Pertea et al. 2016) ftp下载链接:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz ...
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...
stringtie的输入BAM文件需要先进行sort samtools view -Su alns.sam ' samtools sort - alns.sorted stringtie alns.sorted.bam -b stringtie_input_dir -e -G hg19.annotation.gtf -C cov_ref.gtf -p 7 -o stringtie.out.gtf # -B This switch enables the output of Ballgown input table files (*.ct...
拟南芥中m6A和m5C的效应基因和分子功能。m6A主要通过细胞核中的多组分m6A甲基转移酶复合体沉积到其靶转录...
转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown) Hisat2比对 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对hisat2-p 8 –dta -x ./ref/Sus_tran/Sus_tran -1 ./fastq...;e2t即外显子和转录本间的关系,i2t即内含子和转录本间的关系,t_data即转录本的数据Ballgown表达量分析1、Ballgown的安装 source(“...