接下来的具体步骤我也暂时看不明白具体是做啥了,反正最后得到的就是ballgown的输入文件了 代码语言:javascript 复制 stringtie -p 8 -l wT1 -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf -o athaliana_wt_Rep1/transcripts.gtf wt_Rep1.sorted.bam stringtie -p 8 -l wT2 -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf ...
3. Ballgown (github.com/alyssafrazee)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 2. 流程介绍 1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上,...
7. 转录本定量和下游ballgown软件原始文件构建: $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file1/file1.gtf file1.bam $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file2/file2.gtf file2.bam 8. Ballgown差异表达分析: >library(ballgown) >library(R...
samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件 Ballgown的安装 分析,需提供一个分组信息; 0.数据质控(QC): Ubuntu软件包内自带Fastqc,故安装命令apt-get...
Hisat2, Stringtie and Ballgown workflow 测试数据 包含12个样本的RNA-seq序列共2.0G,样本分别来自GBR(英国人来自英格兰)和YRI(约鲁巴人来自尼日利亚伊巴丹)。(Pertea et al. 2016) ftp下载链接:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz ...
7.计算表达量并输出成ballgown格式 原始代码: stringtie -e -B -p 16 -G/data/transcripts/stringtie_merged.gtf(用merge生成的gtf文件代替基因组注释) -o/data/ballgown/$【sample name】/$【sample name】.gtf(输出为ballgown所需的输入格式)/data/bamfiles/【sample name】.bam(输入,bam文件) ...
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...
拟南芥中m6A和m5C的效应基因和分子功能。m6A主要通过细胞核中的多组分m6A甲基转移酶复合体沉积到其靶转录...
stringtie的输入BAM文件需要先进行sort samtools view -Su alns.sam ' samtools sort - alns.sorted stringtie alns.sorted.bam -b stringtie_input_dir -e -G hg19.annotation.gtf -C cov_ref.gtf -p 7 -o stringtie.out.gtf # -B This switch enables the output of Ballgown input table files (*.ct...
且随着真实阳性对数2倍变化阈值的增加，其优势更为明显。综上所述，综合性能指标和软件组合方式的评估结果显示，DESeq2是最好的选择，而Ballgown的准确性始终相对较低。因此，对于希望深入学习bulk RNA-seq数据分析的研究者来说，这篇文章提供了一个宝贵的参考，强调了选择正确工具的重要性。