该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
StringTie比Cufflinks预测了更多的转录本（50%-200%）；IDP报告的外显子数在不同样本中都比较少，因为它...
$ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file1/file1.gtf file1.bam $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file2/file2.gtf file2.bam 8. Ballgown差异表达分析: >library(ballgown) >library(RSkittleBrewer) >library(genefilter) >library(dp...
一个完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比较(包括得到FPKM、TPM、readscounts) 热衷组培的二货潜关注IP属地: 香港 22018.11.12 16:17:40字数 76阅读 5,018 最重要的参考链接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq...
Hisat2+stringtie+ballgown #加载module中的hisat2 module load RNAseq_hisat2 在下面操作开始前,需先进性mkdir文件的创建,输入和输出的文件前面都加上了文件的绝对路径,例如:/home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/ #建索引:hisat2-build hisat2-build /home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/Bol_kaleZHn.dna....
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...
StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件。 一个有5个输入文件,分别是: e_data.ctab,外显子水平表达量; i_data.ctab,内含子水平表达量; t_data.ctab,转录本水平表达量; e2t.ctab,外显子与转录本的对应关系; ...
被称为表观转录组（epitranscriptome）的RNA修饰正成为基因调控的广泛调控机制。由于绘制转录组范围RNA修饰...
接下来的具体步骤我也暂时看不明白具体是做啥了,反正最后得到的就是ballgown的输入文件了 代码语言:javascript 复制 stringtie -p 8 -l wT1 -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf -o athaliana_wt_Rep1/transcripts.gtf wt_Rep1.sorted.bam stringtie -p 8 -l wT2 -G reference/TAIR10_GFF3_genes.gtf ...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!