2. StringTie(ccb.jhu.edu/software/st)能够应用流神经网络算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。与Cufflinks等程序相比,StringTie实现了更完整、更准确的基因重建,并更好地预测了表达水平。 3. Ballgown (github.com/alyssafrazee)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(Strin...
$ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file1/file1.gtf file1.bam $ stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/file2/file2.gtf file2.bam 8. Ballgown差异表达分析: >library(ballgown) >library(RSkittleBrewer) >library(genefilter) >library(dp...
StringTie比Cufflinks预测了更多的转录本（50%-200%）；IDP报告的外显子数在不同样本中都比较少，因为它...
stringtie -p 6 -G /home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/Bol_kaleZHn.gff3 -o /home/sisc/raw_sequences/2_hisat2/4_stringtie/Y-T25-T2-1_genome.gtf -l Y-T25-T2-1_genome /home/sisc/raw_sequences/2_hisat2/3_samtools/Y-T25-T2-1_genome.bam #p为线程数;G为基因组注释文件gff;o为...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!
stringtie_expression_matrix.pl--expression_metric=FPKM--result_dirs='RNAseq_Norm_Lane1,RNAseq_Norm_Lane2,RNAseq_Tumor_Lane1,RNAseq_Tumor_Lane2'--transcript_matrix_file=transcript_fpkm_all_samples.tsv--gene_matrix_file=gene_fpkm_all_samples.tsv./stringtie_expression_matrix.pl--expression_metric...
HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 ...
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Hisat2/StringTie/Ballgown转录组数据分析实例(拟南芥) 参考文章 https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/hista/hisat2-paired-rnaseq.html 下载数据 直接利用参考文章里的shell脚本 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 SEQLIBS=(SRR8428909SRR8428908SRR8428907SRR8428906SRR8428905SRR...
stringtie的输入BAM文件需要先进行sort samtools view -Su alns.sam ' samtools sort - alns.sorted stringtie alns.sorted.bam -b stringtie_input_dir -e -G hg19.annotation.gtf -C cov_ref.gtf -p 7 -o stringtie.out.gtf # -B This switch enables the output of Ballgown input table files (*.ct...