$ stringtie --merge -p 8 -G chrX_data/genes/chrX.gtf -o stringtie_merged.gtf chrX_data/mergelist.txt chrX_data/mergelist.txt:各个gtf路径放在里面。 5、估计表达丰度 stringtie –e –B -p 8 -G stringtie_merged.gtf -o ballgown/ERR188104/ERR188104_chrX.gtf ERR188104_chrX.bam 6、加载 ...
Ballgown ()是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。 一、数据下载Linux系统下常用的下载工具是wget,但该工具是单线程下载,当使用它下载较大...
1、使用HISAT进行测序片段的比对 RNA测序数据分析的第一步是将测序数据比对到参考基因组上,以便于明确它们的位置。 这一步骤的实现有赖于BWT数据结构和FM索引(两个专业名词,无需掌握) RNA测序的比对软件需要面对的另一个问题是许多RNA测序片段跨越了内含子 HISAT使用了两种索引文件,一大(全基因组索引)一小(局部索引...
ballgown最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另一种差异表达分析包,如DESeq2。但是从stringtie中,无法得到每个基因(甚至转录本的)的原始read counts,只能得到FPKM。因此,并不能换分析。要换的话,也得从定量开始。不过可以得到每个转录本的外显子的read counts。 转自http://blog.sina.com.cn/s/blog...
结果说明: ballgown 最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另 一种差异表达分析包,如 DESeq2。但是从 stringtie 中,无法得到每 个基因(甚至转录本的)的原始 read counts,只能得到 FPKM。因此, 并不能换分析。要换的话,也得从定量开始。不过可以得到每个转录 ...
Stringtie:组装与定量工具。 Ballgown:为差异表达计算工具 主要流程图 具体步骤 1、创建index 首先利用下面脚本提取剪接信息(有参考GFF前提下,没有忽略此步): $ extract_splice_sites.py chrX_data/genes/chrX.gtf >chrX.ss $ extract_exons.py chrX_data/genes/chrX.gtf >chrX.exon ...
Ballgown(https://github.com/alyssafrazee/ballgown)是R语言中基因差异表达分析的工具,能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子,而 DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。
一步一步教你做转录组分析(HISAT,StringTieandB allgown) 该分析流程主要根据2016年发表在NatureProtoco ls上的一篇名为Transcript-levelexpression analysisofRNA-seqexperimentswithHISA T,StringTieandBallgown的文章撰写的,主要用到 以下三个软件:HISAT()利用大量FM索引,以覆盖整个 基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因...
Here we present two popular pipelines for RNA-seq data analysis, using open-source software tools HISAT–StringTie–Ballgown and TopHat–Cufflinks. To meet the need of plant scientist, we describe in detail how to perform such comprehensive analysis beginning with raw RNA-seq reads and available...
Pertea et al. describe a protocol to analyze RNA-seq data using HISAT, StringTie and Ballgown (the ‘new Tuxedo’ package). The protocol can be used for assembly of transcripts, quantification of gene expression levels and differential expression analysi