它能利用RNA-Seq实验的数据,预测基因、转录本或外显子的差异表达。Ballgown软件的详细说明如下:https://github.com/alyssafrazee/ballgown。 (转自生物通) 原文检索: HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements StringTie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads Bal...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
Tophat 作者团队在 2015 年开发了 HISAT,一种基于 Hierarchical Graph FM Index 的 RNA-Seq 比对工具,能够迅速、准确地处理大规模测序数据。具备较低的内存占用和高效的多线程处理能力。在 2016年,作者团队在 Nature Protocal 发表了新的转录组最佳实践流程:Hisat +StringTie+ Ballown组合。其中 Hisat 用于替换 Top...
除了stringtie、cufflinks、RESM三个软件,其他组装方法输出的结果与Ballgown不兼容,Ballgown的样本量至少为三个。 Install the Ballgown packages and other dependencies in R as follows: >install.packages(″devtools″,repos=″http://cran.us.r-project.org″)>source(″http://www.bioconductor.org/biocLite.R...
参考文献:Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown 流程示意图 图1 安装软件 HISAT2:将reads比对到基因组上 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip ...
本文围绕RNA-seq学习路线进行生信入门,主要内容有: ☆ RNA-seq方法原理 ☆ RNA-seq的生物信息分析 1.数据获取 测序数据下载与处理(SRA Toolkit) 测序数据质控与过滤(fastp) 2.序列比对(SAMtools、HISAT2) 3.序列组装(StringTie、TACO) 4.表达定量和差异表达分析(Salmon、DESeq2) ...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
这三篇文章分别介绍了三种新工具:HISAT、StringTie和Ballgown。它们分别取代了Salzberg之前开发的早期工具,为RNA-Seq的原始读取到差异表达分析提供了一种全新的方式。 HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts,由约翰霍普金斯大学开发。它取代Bowtie/TopHat程序,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
1. Mihaela Pertea, Daehwan Kim, Geo M Pertea, Jeffrey T Leek, Steven L Salzberg. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown. Nat Prot 2016. 11(9):1650-1667. 2. Yang Liao, Gordon K. Smyth, Wei Shi. featureCounts: an efficient general...