转录组分析的常用分析流程,目前都由Hophat + cufflinks 组合转向了 采用HISTA + StringTie 组合。该组合的Protocol 可参考发表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看看比对的软件HISTA,其速度和精度都较Tophat 有很大...
转录组比对软件HISAT2的使用说明 转录组分析的常用分析流程,目前都由Hophat + cufflinks 组合转向了 采用HISTA + StringTie 组合。该组合的Protocol 可参考发表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看看比对的软件HISTA...
其中hisat用于短序列比对,替代原有的tophat,StringTie用于拼接和定量,替代原有的cufflinks,balldown是一个R包,用于最后的差异表达计算以及可视化。完美替换之前的流程。目前这套方法称为RNAseq数据分析新的一套方案。 具体文章见链接https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095 HISAT2使用改进的BWT算法,所以速度更...
Hisat能够将RNA-seq reads 比对到参考基因组上,并且发现转录本的剪接位点,具有运行速度快,占用计算机内存资源少的特点。StringTie将这些比对结果组合成完整的转录本,并估计所有基因和转录本的表达水平(Pertea et al. 2015)。Ballgown从StringTie结果中提取转录本和表达水平,并应用严格的统计方法来确定它们的差异表达。总...
不过作者在2016年的时候,突然又发了一篇Protocol,推出一套hisat+StringTie + Ballgown的组合方法。其中hisat用于短序列比对,替代原有的tophat,StringTie用于拼接和定量,替代原有的cufflinks,balldown是一个R包,用于最后的差异表达计算以及可视化。完美替换之前的流程。目前这套方法称为RNAseq数据分析新的一套方案。