nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2>&1 > hifiasm.log & 查看hifiasm.log文件,如果k-mer plot只有一个峰代表是纯合子样本,则加-l0参数关闭purge duplication步骤,再跑一遍。 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 -l0 -...
在hifiasm graph中,每个节点(node)都是由相位正确的 HiFi reads组装而成的unitig,每条边(edge)代表两个unitigs之间的重叠。 Hifiasm(trio)算法在亲本 k-mers 的unitigs中标记reads,但 Hifiasm(Hi-C)用 Hi-C reads对相对较短的unitigs进行分类。 3.2. Hifiasm(Hi-C)算法 Hifiasm(Hi-C)算法,先检索unitigs中...
利用HiFi reads进行基因组组装时无需利用高准确性的二代短读长测序数据进行纠错,这在提升基因组组装的连续性和质量、降低计算资源消耗、缩短组装周期方面具有显著的优势。Hifiasm是专门针对HiFi reads开发的组装软件,它在组装过程中尽可能地保留单体型信息,能够快速完成超大基因组的组装。Hifiasm的组装过程主要分为三步: ...
Hifiasm[1] 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件,最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 Oxford Nanopore 读取支持端粒到端粒的组装。Hifiasm 可以生成单样本端粒到端粒的组装,结合了 HiFi、超长和 Hi-C 读取,可以说是最好的组装软件之一。对于 trio-binning 组装来说,它是最好的单倍...
Why Hifiasm? Hifiasm delivers high-quality telomere-to-telomere assemblies. It tends to generate longer contigs and resolve more segmental duplications than other assemblers. Given Hi-C reads or short reads from the parents, hifiasm can produce overall the best haplotype-resolved assembly so far. It...
hifiasm组装后不需要polish,简化了组装流程,大大节省了时间。 一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make 二、测试 wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz ./hifiasm -otest-t4 -f0 chr11-2M.fa.gz 2> test.log ...
一、Hifiasm基本用法 1.1. 安装Hifiasm 1.2. Hifiasm的基础命令 1.3. Hifiasm的输出文件 1.3.1. 输出文件 对于输出的每个图（graph），Hifiasm也输出简化版本（xx_nnoseq_xx.gfa），此文件无易视序列。低质量区域坐标写入lowQ.bed文件。1.3.2. 输出文件格式 Hifiasm输出的gfa格式组装图，遵循GFA...
hifiasm-meta是基于hifiasm的宏基因组组装工具：改善了一些宏基因组数据中比单样本测序更突出的问题（例如contained reads）；优先于获得连贯的contigs，过程不需要手工干预，和hifiasm相同是一个binary和一行命令；对于回收variants和SV，可能对read-contig的alignment+variant calling比处理assemblygraph更实用）；（可选）...
hifiasm — 具有定相装配图结构并且能够区分单倍型的基因组从头组装工具 收藏 分享 手机看 侵权/举报hifiasm — 具有定相装配图结构并且能够区分单倍型的基因组从头组装工具 2020年9月30日发布 44:35 hifiasm — 具有定相装配图结构并且能够区分单倍型的基因组从头组装工具 ...
Hifiasm delivers high-quality telomere-to-telomere assemblies. It tends to generate longer contigs and resolve more segmental duplications than other assemblers. Given Hi-C reads or short reads from the parents, hifiasm can produce overall the best haplotype-resolved assembly so far. It is the asse...