一般来说,使用Hifiasm的默认参数进行组装就可以达到大部分情况的要求,但根据不同样本的情况,可以调整参数。 熟读官方manual后,总结了下面一套跑法,来确定参数和检验组装结果。 先用默认参数跑一遍 nohup hifiasm -o sample_prefix -t 48 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz 2...
它建立在分型 hifiasm 组装图 (assembly graphs)的基础上,但在序列分类(sequence partition)方面与已发表的 hifiasm (trio) 算法不同。 在hifiasm graph中,每个节点(node)都是由相位正确的 HiFi reads组装而成的unitig,每条边(edge)代表两个unitigs之间的重叠。 Hifiasm(trio)算法在亲本k-mers的unitigs中标记reads...
hifiasm的使用非常简洁明了,根据已有的数据分为,仅HiFi数据模式,有双亲二代测序的Trio-binning模式和有Hi-C数据的Hi-C模式。 仅有HiFi数据 最基本的用法,会得到两个部分分型的组装 wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz hifiasm-o test-t32chr11-2M.fa.gz2>...
Hifiasm[1] 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件,最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 Oxford Nanopore 读取支持端粒到端粒的组装。Hifiasm 可以生成单样本端粒到端粒的组装,结合了 HiFi、超长和 Hi-C 读取,可以说是最好的组装软件之一。对于 trio-binning 组装来说,它是最好的单倍...
Hifiasm是专门针对HiFi reads开发的组装软件,它在组装过程中尽可能地保留单体型信息,能够快速完成超大基因组的组装。Hifiasm的组装过程主要分为三步: 使用All-vs-All比对进一步进行测序错误纠错。 对纠错后的Reads进行Overlap比对,构建Phased string graph。 根据重叠图生成Contigs。如果没有额外信息,Hifiasm会随机选择气泡...
hifiasm.png 1.从安装开始说起 # Install hifiasm (requiring g++ and zlib) git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm cd hifiasm && make 记得添加环境变量就可以直接调用了。 2.使用(有多种模式可选择,提供三种常用模式) 1)在只有PicBio HiFi数据的情况下,也是最简单的 ...
一、Hifiasm基本用法 1.1. 安装Hifiasm 1.2. Hifiasm的基础命令 1.3. Hifiasm的输出文件 1.3.1. 输出文件 对于输出的每个图（graph），Hifiasm也输出简化版本（xx_nnoseq_xx.gfa），此文件无易视序列。低质量区域坐标写入lowQ.bed文件。1.3.2. 输出文件格式 Hifiasm输出的gfa格式组装图，遵循GFA...
我曾经尝试过把多个PacBio HiFi的gz压缩文件直接用cat给连接成一个文件然后去组装,但是组装结果和保持多个文件一起输入给hifiasm的结果是不一样的。cat到一起的结果的N50要略低于把三个文件分别输给hifiasm的版本。我和老板冥思苦想了好一会儿没想明白原因在哪儿,也就作罢了。所以建议如果有多个文件,就保持多个文件...