一般来说,用hifiasm组装基因组,纯合材料用- l0,非纯系材料,比如我们做园艺果树的,尽量是希望分出来两个单倍型,所以参数-l3,当然,分出两个单倍型,是默认参数,所以默认可以不设置。 两个模式大体输出结果如下图: 可以看出来,区别在于前者多输出了一个a_ctg而后者则多输出了hap1.p_ctg和hap2.p_ctg 逻辑上,看...
反正hifiasm是可以接受输入多个文件的。 建议有HiC的情况下尽量加上HiC数据,结果会更好一些。 PacBio HiFi的组装结果不需要再经过其他的软件polish,不像传统的三代组装软件那样流程冗长而繁琐。 Hifiasm does not need polishing tools like pilon or racon, either. 引用自:(https://hifiasm.readthedocs.io/en/late...
对于人类基因组,hifiasm也能取得最好的效果。相比于现有算法,hifiasm所产生的组装结果连续性最高,同时也正确解析了最多的复杂和高重复区域,如MHC (主要组织相容性复合体)和centromere (着丝端粒)。尤其对于人类二倍体样本HG002和HG00733,hifiasm产生的组装结果的连续性3倍于其他算法,并成功保留了最多的变异信息。