要进行这样的组装,您首先需要使用 yak 对 k-mer 进行计数,然后再进行组装。 yak count -k31 -b37 -t16 -o pat.yak paternal.fq.gz yak count -k31 -b37 -t16 -o mat.yak maternal.fq.gz hifiasm -o NA12878.asm -t 32 -1 pat.yak -2 mat.yak NA12878.fq.gz Hi-C 利用成对的端到端 Hi...
hifiasm软件使用 (1)市场上绝大多数二倍体基因组,只需要组装2n中的n,所以参数一般给 -l 2 -n 4: hifiasm -o test.asm -t 16 -l 2 -n 4 HiFi-reads.fa.gz 2> test.assemble.log #-t16为16线程,test.ccs.fa.gz为处理好的ccs数据,可为fasta或者fastq,用法很简单 (2)对于二倍体,结合HiC数据拆单...
一、安装 gitclonehttps://github.com/chhylp123/hifiasmcdhifiasm && make 二、测试 wget https://github.com/chhylp123/hifiasm/releases/download/v0.7/chr11-2M.fa.gz ./hifiasm -otest-t4 -f0 chr11-2M.fa.gz 2> test.log awk'/^S/{print ">"$2;print $3}'test.bp.p_ctg.gfa > test.p...
随着长reads测序技术的普及,HiFi或ONT已是基因组测序的标配,为了实现基因组尽可能的少gap甚至gap-free,往往将二代和三代几种测序技术结合使用。hifiasm和Nextdenovo是应用较为普遍的三代测序基因组组装工具。这…
Hifiasm[1] 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件,最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 Oxford Nanopore 读取支持端粒到端粒的组装。Hifiasm 可以生成单样本端粒到端粒的组装,结合了 HiFi、超长和 Hi-C 读取,可以说是最好的组装软件之一。对于 trio-binning 组装来说,它是最好的单倍...
hifiasm -o NA12878.asm -t32 --ul ul.fq.gz -1 pat.yak -2 mat.yak HiFi-reads.fq.gz parental 当有父本的短读取可用时,hifiasm 还可以通过 trio binning 生成一对单倍型解析的组装。要进行这样的组装,您首先需要使用 yak 对 k-mer 进行计数,然后再进行组装。
简介:基因组组装:Hifiasm 使用教程 简介 Hifiasm是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件,最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 Oxford Nanopore 读取支持端粒到端粒的组装。Hifiasm 可以生成单样本端粒到端粒的组装,结合了 HiFi、超长和 Hi-C 读取,可以说是最好的组装软件之一。对于 trio...