2. 首先采用HiCPro自带的digest_genome.py程序获得消化片段的BED文件及chromosomes' size表格文件,需要限制酶酶切位点及参考基因组信息 3. 用bowtie2对falcon_contig.fasta建立索引 HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 分别对R1 & R2 reads两次比对的结果合并 Hi-C数据的...
这时我们就可以把它转化为.hic文件,放到juicebox中就很好的可视化。 juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式,这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre 但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式,就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本进行处理。
基于高通量测序技术的Hicpro结果可视化软件是由南京集思慧远生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0618072,属于分类,想要查询更多关于基于高通量测序技术的Hicpro结果可视化软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
写在前面,得到HiC-pro的结果后,我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 awk-F"\t"'{if ($2!="chloroplast" && $2!="mitochondria" && $2!~ "^ctg" && $5!~ "^ctg" && $5!="chloroplast" && $5!="mitochondria") {print $0}}'hic-pro8result>result_noChrCM....
Visualization的话，初学者适合用HiCPlotter，我一开始也用这个。现在自己写代码，R或者Python都行，把结果...
可视化可以包括热图、染色体图谱、三维结构模型等。 10.结果验证和生物学解释 对分析结果进行验证,可以通过实验方法如ChIP-seq、RNA-seq等进行验证。 结合生物学知识和先前的研究,对结果进行解释和讨论,提出相关的生物学假设。 注意事项: 在进行Hicpro数据分析之前,确保对Hi-C技术和数据分析的基本原理有一定的了解。
3. 去除适配体：•如果测序数据中存在适配体（adapters），需要使用适配体去除工具（例如，Trim Galore!）来进行去除。4. HiC-Pro 流程的质控：•运行HiC-Pro 中的各个步骤，并检查生成的质控报告。•确保HiC-Pro 过程中的各个阶段的输出结果符合预期。5. 检查染色体相互作用矩阵：1/ 2 ...
wget -c http://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz tar -zxvf HiC-Pro-3.1.0.tar.gz condaenvcreate -f /data5/tan/zengchuanj/Software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml -p /data5/tan/zengchuanj/conda/conda/envs/HiC-Pro ...
|-- rawdata -> /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/test-op/test_data |-- tmp 工作原理介绍: 1.Reads Mapping 将fastq文件用bowtie2 mapping一次,看log: cat mapping_step1.log ###mapping fastq to reference genome , 将unmapping的read 另存为 unmap.fastq /PATH/TO/bowtie2/bowtie2-2.3.3.1/bowtie2...
[工具][Hi-C] HiC-Pro Hi-C数据处理工具 123456 生信在读/jo厨/偶尔看看球/喜爱一切甜酒 123456: 打算写一个关于Hi-C处理的过程总结,网上这方面资源比较少,正好最近在做,预期是从数据处理到可视化完整地记录下来。 HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件,能够直接输出后面可视化… ...