这时我们就可以把它转化为.hic文件,放到juicebox中就很好的可视化。 juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式,这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre 但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式,就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本进行处理。
HiC-Pro产生的数据可以直接在HICPlotter中处理,其他软件比如Hi-CUP产生的.bam工具则需要使用内置的格式转换工具进行转换(因为不太方便用我自己的数据,样例均来自于HICPlotter的GitHub页面)。 从HiC-Pro的处理结果,我们能够得到不同分辨率下的.bed文件和matrix文件。 其中.bed 文件储存了Hi-C结果各个区域的位置信息: chr...
请问前辈hicpro后的 call TAD 和call loop步骤能分享嘛？ 谢谢！！文章看了三篇不一样，也不详细 ...
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...