测试数据已经建好了bed文件,在HiC-Pro-3.1.0/annotation目录下,HindIII_resfrag_hg19.bed。 第一列是序列名,这里不是原始输入的序列名,而是HiC-Pro自行指定的序列名,第二列和第三列相关,第三列是程序检测到的酶切位点对应序列的起始位置。例如,假设采用的酶是dnpii,那么参考基因组序列上GATC位点的起始位置。
HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及起始位置,第四列是这个区间的编号,在矩阵文件中应用)。
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及起始位置,第四列是这个区间的编号,在矩阵文件中应用)。
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
请问前辈hicpro后的 call TAD 和call loop步骤能分享嘛？ 谢谢！！文章看了三篇不一样，也不详细 ...
看你数据咯， 如果是原位Hi-C， 利用率比较高， 数据比较干净的话，在100K 40K 20K都是可以call ...