将HiCPro安装目录下的config-hicpro.txt文件拷贝到脚本运行目录下,并进行修改。通常需修改的地方有以下几个,其中用前半部分参数非常重要,通常每次运行都要修改的。所有的参数官网有给出解释,地址链接为:http://nservant.github.io/HiC-Pro/MANUAL.html#manual 配置文件修改: N_CPU,给定的CPU内存数,给的越多,运...
HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及起始位置,第四列是这个区间的编号,在矩阵文件中应用)。
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及起始位置,第四列是这个区间的编号,在矩阵文件中应用)。
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
请问前辈hicpro后的 call TAD 和call loop步骤能分享嘛？ 谢谢！！文章看了三篇不一样，也不详细 ...
看你数据咯， 如果是原位Hi-C， 利用率比较高， 数据比较干净的话，在100K 40K 20K都是可以call ...