测试数据已经建好了bed文件,在HiC-Pro-3.1.0/annotation目录下,HindIII_resfrag_hg19.bed。 第一列是序列名,这里不是原始输入的序列名,而是HiC-Pro自行指定的序列名,第二列和第三列相关,第三列是程序检测到的酶切位点对应序列的起始位置。例如,假设采用的酶是dnpii,那么参考基因组序列上GATC位点的起始位置。
(HiC-Pro一步运行完用于HiCPlotter可视化画图的结果): HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及...
写在前面,得到HiC-pro的结果后,我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 awk-F"\t"'{if ($2!="chloroplast" && $2!="mitochondria" && $2!~ "^ctg" && $5!~ "^ctg" && $5!="chloroplast" && $5!="mitochondria") {print $0}}'hic-pro8result>result_noChrCM....
HiC-Pro产生的数据可以直接在HICPlotter中处理,其他软件比如Hi-CUP产生的.bam工具则需要使用内置的格式转换工具进行转换(因为不太方便用我自己的数据,样例均来自于HICPlotter的GitHub页面)。 从HiC-Pro的处理结果,我们能够得到不同分辨率下的.bed文件和matrix文件。 其中.bed 文件储存了Hi-C结果各个区域的位置信息: chr...
请问前辈hicpro后的 call TAD 和call loop步骤能分享嘛？ 谢谢！！文章看了三篇不一样，也不详细 ...
近日在微博就有博主@大神Vacant 放出了两张截图,一张是iPhone的信号(iPhone 14 Pro Max),一张是华为Mate 50 Pro的信号,它们二者同处场景是电梯间。 我为了更加直观地展示给大家看信号差距,所以我把两张图拼出来了。大家可以看看下面这两张对比图,iPhone两张卡的5G信号都只有1格信号,而华为Mate 50 Pro机尽管...
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HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 分别对R1 & R2 reads两次比对的结果合并 Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid...
hic数据经过Hic-pro处理后,会生成allvalidpairs文件,这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话,比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件,放到juicebox中就很好的可视化。 juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式,这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wi...
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...