(HiC-Pro一步运行完用于HiCPlotter可视化画图的结果): HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed
HiC-Pro产生的数据可以直接在HICPlotter中处理,其他软件比如Hi-CUP产生的.bam工具则需要使用内置的格式转换工具进行转换(因为不太方便用我自己的数据,样例均来自于HICPlotter的GitHub页面)。 从HiC-Pro的处理结果,我们能够得到不同分辨率下的.bed文件和matrix文件。 其中.bed 文件储存了Hi-C结果各个区域的位置信息: chr...
针对你的问题“hicpro结果invalid pairs”,以下是一些分析和建议,帮助你解决这一问题: 确认HIC-Pro软件版本和配置是否正确: 确保你使用的HIC-Pro版本是最新的,或者至少是一个稳定版本。旧版本可能包含未修复的bug或不支持某些新特性。 检查config-hicpro.txt配置文件中的参数设置是否正确,特别是与数据格式和参考基因...
HiC-Pro的Github里有manual。结果解读的话，结果format在上面的manual有，一般HiC结果解读的话多读读文章...
结果生成6个bt2文件。 3. bed文件,使用digest_genome.py生成酶切片段文件。 digest_genome.py脚本在HiC-Pro-3.1.0/bin/utils目录下,正常对自己的数据使用命令行为: python3 /HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py hifi_canu.contigs.fasta-r dpnii -o hifi_canu.contigs.bed; ...
写在前面,得到HiC-pro的结果后,我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 awk-F"\t"'{if ($2!="chloroplast" && $2!="mitochondria" && $2!~ "^ctg" && $5!~ "^ctg" && $5!="chloroplast" && $5!="mitochondria") {print $0}}'hic-pro8result>result_noChrCM....
近日在微博就有博主@大神Vacant 放出了两张截图,一张是iPhone的信号(iPhone 14 Pro Max),一张是华为Mate 50 Pro的信号,它们二者同处场景是电梯间。 我为了更加直观地展示给大家看信号差距,所以我把两张图拼出来了。大家可以看看下面这两张对比图,iPhone两张卡的5G信号都只有1格信号,而华为Mate 50 Pro机尽管...
514个字符 (一般不超过80字符) pr九尾狐正能量软件免费游戏_监考老师像素游戏_男生和女生一起的轮滑鞋网_汤芳—《午后松花江》_老师的小兔子好软水好多软件_瞌睡的秘书像素游戏_蝴蝶忍触摸像素游戏speed_锵锵锵锵锵免费看漫画_好满射太多了装不下了免费下载_看靠逼_蘑菇视频着色版下载mogu_超prorm在线_曝光2023已更...
HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 分别对R1 & R2 reads两次比对的结果合并 Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid...
结果生成6个bt2文件。 3. bed文件,使用digest_genome.py生成酶切片段文件。 digest_genome.py脚本在HiC-Pro-3.1.0/bin/utils目录下,正常对自己的数据使用命令行为: python3 /HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py hifi_canu.contigs.fasta-r dpnii -o hifi_canu.contigs.bed; ...