这时我们就可以把它转化为.hic文件,放到juicebox中就很好的可视化。 juicer中的pre命令是用来做这个事情的。只要你的数据符合pre命令处理的格式,这个就很简单。具体用法:https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Pre 但有时我们的Hic-pro的结果文件不符合pre的格式,就需要使用hicpro2juicebox.sh这个脚本进行处理。
juicebox对3d DNA结果进行人工review的方法分享,个人学习笔记,仅供参考, 视频播放量 4617、弹幕量 0、点赞数 43、投硬币枚数 20、收藏人数 91、转发人数 31, 视频作者 TheSkywoods, 作者简介 ,相关视频:4.差异分析大合集,3.数据预处理,5.KEGG、GO富集分析,11.肿瘤微
Hic-pro的结果文件转化为.hic文件,在juicebox中实现可视化,今天我就拓展下数据转化的范围。 今天我们用到的是HiCExplorer 1,安装HiCExplorer conda install hicexplorer -c bioconda -c conda-forge 这个是官网写的,但我试了几次,都用不了。所以只好从bioconda 重新搜了下载 image-20210125155743530 从三个下载命令中...
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中,终于找到Juicebox的官方...
Hi Chenxi, It looks like yahs will really speed up our scaffolding efforts - so far the scaffolded fastas are looking great. Awesome work! However, I'm having trouble creating the correct input files for our manual curation phase, editin...
This is causing various downstream issues, as the next logical step after running SALSA is to manually edit the assembly, and juicebox seems to be the only tool to do that. See: aidenlab/Juicebox#958 aidenlab/Juicebox#975 and most likely...
【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充 目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销...
通常来讲,用final.hic对应的结果去进行染色体区块编辑后再进行染色体水平的基因组组装run-asm-pipeline-post-review.sh,得到fasta的文件,然后再通过已经注释的contig版本的基因组基因的坐标信息,对应上染色体水平的基因组基因信息 当出现如下图的3dDNA组装偏差时,即交互区域分布于对角线之外,则可人工校正,下图中1号和...
Hi I tried to open a Hic file for our custom genome but it failed to open in juicebox version 1.11 in a linux computer running ubuntu 22.04 LTS and java openjdk 19.0.2 2023-01-17 , but HiC files with version 7 and 8 opens in Juicebox. Th...
Hi, I created a .hic file from HiC-Pro output by hicpro2juice.sh, but when I loaded it to juicebox, it errors: error loading .hic file I was wondering how could I solve it? Thank you so much yuanyuanhe2021added thebuglabelSep 3, 2021 ...