HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接...
泛三维基因组是指通过Hi-C技术与泛基因组研究技术,在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构与结构变异和基因家族功能研究相结合, 实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。 其中,Hi-C技术已作为基因组染色体挂载的常规手段,用于辅助基因组组装。同时,Hi-C技术广...
. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
python HiC-Pro/bin/utils/digest_genome.py -r [常用限制性内切酶序列] [-o OUT] fastafile -r:常用限制性内切酶: 生成的bed文件 4.3 生成基因组sizes文件,获得基因组每条染色体bases数bed文件 samtools faidx genome.fa awk ‘{print $1 "\t" $2}‘ genome.fa.fai > genome_sizes.bed genome_sizes.be...
完全掌握HiC三维基因组数据分析原理和实操 配套自主开发的全自动数据分析流程 特别声明:以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布,本平台仅提供信息存储服务。 Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase ...
A401---【6天大课】HiC三维基因组数据分析-基因课appjnrofhhr5942 0播放 A400---Ai终点站,全系统商业闭环矩阵打造,帮电商、实体降70%成本,12款Ai联合深度实战 1播放 A406---陈十亿-千川操盘手26讲 0播放 A403---2024春季课程-精英年组 0播放 A404---系统班内部服务课 0播放 A438---【整理师专属】20...
算法SnapHiC填补了利用单细胞Hi-C数据进行可靠染色质环鉴定方法领域的空白,极大的提高了从少量单细胞Hi-C数据中识别染色质环的检测效能,有助于未来更好地研究复杂组织中的不同细胞类型中特异性染色质高级空间结构。 于淼青年研究员和现任NovaSignal公司软件工程师的Armen Abnousi博士为本文的共同第一作者。美国克里夫...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍（Hi-C系列一：基因组组装利器），但实际上，Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已，作为高通量的染色质构象捕获技术（High-throughput Chromatin Conformation Capture），其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译...