GPU加速GROMACS 最新的 GPU 硬件配备 NVIDIA 加速卡、Quadro RTX、RTX 3090/3080/3070 等,可运行更快的 GROMACS模拟。 预配置 使用示例作业提交脚本、基准测试、完全验证的测试套件和最新的软件补丁以快速实施。 更多关注科学研究 联泰集群系统是完全交钥匙的,开箱即用,因此您可以避免繁琐的配置和设置。
注意:在本教程中,将要生成的gromacs(*.gro)结构文件,可以用VMD(下http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)查看。 一、Gromacs基本模拟流程 1 下载pdb文件 1OMB.pdb (http://www.rcsb.org/pdb/) 2用pdb2gmx 处理 pdb 文件 pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –...
通过对系统中的分子进行运动方程的求解,可以获得分子的轨迹和动力学行为。在模拟过程中,外部驱动力的施加会引起系统的非平衡行为,例如温度分布的梯度、物质的输运以及流体的剪切等。 非平衡分子动力学模拟在多个领域中得到广泛应用,例如材料科学、生物物理学和化学工程等。它可以用于研究材料的热导性、输运性质、界面行为...
Public/backup repository of the GROMACS molecular simulation toolkit. Please do not mine the metadata blindly; we use https://gitlab.com/gromacs/gromacs for code review and issue tracking. - gromacs/gromacs
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
执行如下命令,进入算例路径。 cd GROMACS_GPU执行如下命令,获取用于用户身份验证的token。 dconfig 输入租户管理员/子用户的“HPC通行证”,显示如下信息表示获取token成功。 get token successfully执行如下命令,提交作业。 dsub -A accountgroup -oo "$HOME/GROMACS_GPU/LOGS/mpi_out_%J_%I.txt" -eo "$HOME/GR...
模拟正常接收,但是需要继续延长一段时间。 针对这两种情况,Gromacs准备了相应的处理方法。 1. 恢复中断的模拟 默认状态下,Gromacs会每15分钟写一个存档文件,称为cpt文件,并同时保存当前的cpt文件以及上一个cpt文件。cpt文件存储了系统的坐标和速度,所以任何情况下都可以从该cpt的存档点继续进行模拟。只需要利用-cpi命...
GROMACS is free, open-source software, and has consistently been one of the fastest (if not the fastest) molecular dynamics codes available. There are currently seven tutorials available: Lysozyme in Water: The intent of this tutorial is to give new users a basic introduction into the tools ...
一般来说,要在gromacs里面实现或者完成一个分子动力学模拟工作,需要分为以下几个步骤: 1. 准备相关文件(建模):.pdb .gro .mdp .tpr .top.itp 2. 模拟体系运行(跑程序),并获得:.xtc .edr ... 对于第一步中要准备的几个文件作一个简单的说明: .pdb...