GPU加速GROMACS 最新的 GPU 硬件配备 NVIDIA 加速卡、Quadro RTX、RTX 3090/3080/3070 等,可运行更快的 GROMACS模拟。 预配置 使用示例作业提交脚本、基准测试、完全验证的测试套件和最新的软件补丁以快速实施。 更多关注科学研究 联泰集群系统是完全交钥匙的,开箱即用,因此您可以避免繁琐的配置和设置。
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
sudo apt-get install fftw3 3.开始安装gromacs 打开文件夹,新建APP文件夹 下载的Gromacs move to刚才的APP文件夹 在APP文件夹里Open in Terminal,打开终端 打开刚才的gromacs网址,点击左侧Installation guide 键盘Ctrl+C 打开终端,Shift+Ctrl+V粘贴 然后依次跟着流程复制粘贴确定就可以运行了,安装时间半小时左右 输入...
一、Gromacs基本模拟流程 1 下载pdb文件 1OMB.pdb (http://www.rcsb.org/pdb/) 2用pdb2gmx 处理 pdb 文件 pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce pdb2gmx此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。
GROMACS是强大的分子动力学模拟软件,在模拟大分子系统牛顿运动方面具有极大优势。 支持基本动力学相关算法,包括牛顿力学及随机动力学积分器、能量最小化、正则模式分析等。 支持温度及压强控制,支持基于SHAKE和P-LINCS的完全约束算法,支持多种几何约束。 支持AMBER、CHARMM及OPLS等常见经典力场。
在过去几年中, NVIDIA 和主要 GROMACS 开发人员合作进行了一系列多 GPU 和多节点优化。 在这篇文章中,我们展示了这些改进中的最新进展,通过启用 GPU 粒子网格 Ewald ( PME )分解和 GPU directcommunication :新 GROMACS 2023 发布版本中提供的一项功能。我们观察到,通过这项工作,性能提高了 21 倍。
执行如下命令,进入算例路径。 cd GROMACS_GPU执行如下命令,获取用于用户身份验证的token。 dconfig 输入租户管理员/子用户的“HPC通行证”,显示如下信息表示获取token成功。 get token successfully执行如下命令,提交作业。 dsub -A accountgroup -oo "$HOME/GROMACS_GPU/LOGS/mpi_out_%J_%I.txt" -eo "$HOME/GR...
1.创建输入文件:使用GROMACS自带的工具,如pdb2gmx,将分子结构文件转换为GROMACS所需的格式(.gro或.pdb文件)并生成拓扑文件(.top文件)。 2.设置模拟系统:编辑拓扑文件,定义系统中的分子类型、电荷、碳原子的种类等。还可以添加溶剂和离子来模拟溶液。 3.设定模拟参数:创建.mdp文件(模拟参数文件),指定模拟所需的参...
- 轨迹文件的输出:Gromacs 可以输出轨迹文件,方便用户进行后续的分析。 - 模拟过程中的原子运动轨迹可视化:Gromacs 具有可视化工具,可以实时显示原子在模拟过程中的运动轨迹。 3.Gromacs 的使用方法 Gromacs 的使用方法相对简单,用户只需要按照以下步骤进行操作: - 准备输入文件:用户需要根据需要编写输入文件,包括分子结构...