本文翻译自CompChems的文章GROMACS Tutorial: Coarse-Grained Simulations with Martini 3 Force Field 粗粒化模拟与常规的全原子模拟没有本质的区别,(因此本文中一些Gromacs的基本知识会被省略,可以参考另一篇入门文章:GROMACS教程1:Lysozyme),唯一的不同点在于需要先将全原子模型转换成粗粒化模型, 通常的流程如下(下面...
Gromacs Tutorial:亲自动手学习分子动力学模拟 Gromacs教程提供了亲自动手学习分子动力学模拟的机会。通过本教程,用户可以深入了解Gromacs软件的使用方法和技巧,掌握分子动力学模拟的基本原理和操作流程。教程内容涵盖了从模型构建、参数设置到结果分析的完整过程,帮助用户快速上手并提升模拟技能。通过实践操作,用户能够更好地...
mod=viewthread&tid=29955&fromuid=9594(出处: 计算化学公社) GROMACS Tutorial 1-Lysozyme in Waterhttp://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html
Lysozyme in Water: The intent of this tutorial is to give new users a basic introduction into the tools used to prepare, run, and perform simple analysis on a "typical" system with GROMACS. KALP15 in DPPC: This tutorial is more advanced, and is designed for more experienced users who wan...
因为自己在学习gromacs的时候是在油管上看的视频,但基本都是gromacs tutorial里的水中的溶菌酶这个第一个教程,所以想着把蛋白质配体复合物的模拟做个记录,可能会有不严谨或者错误的地方,多多包涵。如果能稍微帮到自学gromacs的人就太好了。知识 野生技能协会 蛋白质 分子动力学模拟 ...
Virtual Sites:This tutorial guides the user through manual construction of virtual sites for a very simple linear, triatomic molecule (CO2). 虚拟站点: 本教程指导用户手动构建一个非常简单的线性三原子分子(CO2)的虚拟站点。 这些教程都是基于gromacs2018及其以上 ...
今天开始学习跟着官网的tutorial学习Gromacs2020.3的操作和运行。tutorial本尊| Gromacs的安装很简单,我是在conda下面安装的的,直接就是2020.3的版本。 Tutorial 1:Molecular Modeling Practical 分子建模 模型分子 泛素连接酶E2 1.简单背景 👇 泛素连接酶也叫E2酶,参与泛素途径的第二步骤。这一反应属于蛋白的转录后修饰...
返回:拓扑下一步:添加离子 GROMACSTutorial StepFour:AddingIons Wenowhaveasolvatedsystemthatcontainsachargedprotein.Theoutputofpdb2gmxtoldus thattheproteinhasanetchargeof+8e(basedonitsaminoacidcomposition).Ifyoumissed thisinformationi 22、nthepdb2gmxoutput,lookatthelastlineofyour atoms directiveintopol.top...
1、这是从官网的教程完成的任务(gromacs5.x tutorial),按照官网的步骤完成的。 注意的是不能随便的复制粘贴贴,不然很多时候会出现input error 的,因为 这可能是你忘记下载对应的文件了,有几个mdp文件要进行下载的,比如ntp.mdp。 点击官网的教程里面的链接可以直接打开对应的文件,复制对应的内容到编辑器 另存为对...
1、GROMACS TutorialLysozyme in WaterJusti n LemkulDep artme nt of Biochemistry, Virgi nia TechThis exa mple will guide a new user through the p rocess of sett ing up a simulati on system containing a p rotein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each ste p will contain an ex...