Lysozyme in Water: The intent of this tutorial is to give new users a basic introduction into the tools used to prepare, run, and perform simple analysis on a "typical" system with GROMACS. KALP15 in DPPC: This tutorial is more advanced, and is designed for more experienced users who wan...
GROMACS教程主要分为全原子模拟和粗粒化模拟两类,两者在模型构建、力场选择及流程步骤上有显著差异。全原子模拟适用于研究原子级细节的分子相互作用,而粗粒化模拟通过简化模型提高计算效率,适用于大尺度体系研究。以下分两部分详细说明其核心流程。 一、全原子模拟流程 体系准备 获取蛋白结构...
本文翻译自CompChems的文章GROMACS Tutorial: Coarse-Grained Simulations with Martini 3 Force Field 粗粒化模拟与常规的全原子模拟没有本质的区别,(因此本文中一些Gromacs的基本知识会被省略,可以参考另一篇入门文章:GROMACS教程1:Lysozyme),唯一的不同点在于需要先将全原子模型转换成粗粒化模型, 通常的流程如下(下面...
prepare_dual_topology.py --config_file=step2.ini 此时,工作目录会产生一个“tutorial.bin”文件。 05执行FEP计算 输入以下命令提取“tutorial.bin”文件: bash ./tutorial.bin 此时,在工作目录会创建一个“tutorial”文件夹,下面进入该文件夹中并运行FEP计算。 cd tutorial bash runall.sh 运行完成后,会产生“...
Gromacs Tutorial:亲自动手学习分子动力学模拟 Gromacs教程提供了亲自动手学习分子动力学模拟的机会。通过本教程,用户可以深入了解Gromacs软件的使用方法和技巧,掌握分子动力学模拟的基本原理和操作流程。教程内容涵盖了从模型构建、参数设置到结果分析的完整过程,帮助用户快速上手并提升模拟技能。通过实践操作,用户能够更好地...
系统标签: gromacs tutorial oleculardynamics acs sijbers energym GROMACSUSERANUALGroningenMachineChemicalSimulationsVersion3.2GROMACSUSERANUALVersion3.2DavidvanderSpoel,ErikLindahl,BerkHessAldertR.vanBuurenEmileApolPieterJ.MeulenhoffD.PeterTielemanAlfonsL.T.M.SijbersK.AntonFeenstraRudivanDrunenHermanJ.C.Berendsen...
ZzjjYy_valorant创建的收藏夹老师让学的(wincoot+MD动力学)内容:蛋白质配体复合物模拟(gromacs tutorial),如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
输入以下命令提取“tutorial.bin”文件: bash ./tutorial.bin 此时,在工作目录会创建一个“tutorial”文件夹,下面进入该文件夹中并运行FEP计算。 cd tutorialbash runall.sh运行完成后,会产生“tutorial.tgz”文件,该文件包含了PyAutoFEP结果分析的需要的所有数据。 06 结果分析 PyAutoFEP简化了FEP结果的分析,输入以...
GROMACS 教程 教程 1 GROMACS Introductory Tutorial Gromacs ver 4.0 Author: John E. Kerrigan, Ph.D. Associate Director, Bioinformatics The Cancer Institute of NJ 195 Little Albany Street New Brunswick, NJ 08903 Phone: Fax: Email: 翻译:梁(leunglm@hotmail.com) (732) 235-4473 (732) 235-6267 ...
,inamodelmembrane,DPPC.ThetutorialassumestheuserhasalreadysuccessfullycompletedtheLysozyme tutorial,someothertutorial,orisotherwisewell-versedinGROMACSsimulationmethodsandtopologyorganization.The levelofdetailinthistutorialwillbefocusedonmembraneprotein-specificconsiderations,andwillnotprovidean ...