GROMACS教程 by@杂草一族——幼儿梦想追求中。第一步:准备拓扑一些GROMACS基础知识 随着版本5.0的GROMACS的发布,所有的工具本质上是二进制名为“gmx”的模块。这与以前的版本不同,其中每个工具都被调用为自己的命令。在5.0中,这仍然通过符号链接工作,但是在将来版本中将会消失,所以最好习惯于新的做事方式。要获取有...
GROMACS 教程 1 GROMACS Introductory Tutorial Gromacs ver 4.0 Author: John E. Kerrigan, Ph.D. Associate Director, Bioinformatics The Cancer Institute of NJ 195 Little Albany Street New Brunswick, NJ 08903 Phone: (732) 235-4473 Fax: (732) 235-6267 Email: kerrigje@umdnj.edu 翻译:梁(leunglm@...
gromacs中文教程 GROMACS 教程 GROMACS Introductory Tutorial Gromacs ver 4.0 Author: John E. Kerrigan, Ph.D.Associate Director, Bioinformatics The Cancer Institute of NJ 195 Little Albany Street New Brunswick, NJ 08903 Phone: (732) 235-4473 Fax: (732) 235-6267 Email: kerrigje@umdnj.edu 翻译：...
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另外,你需要下载GROMACS用户手册 (下载地址:http://.gromacs) 下载pdb文件1OMB.PDB(http://.rcsb/pdb/) 建议先用DeepView软件观察下载的文件,看是否有混乱的现象(缺失侧链)Deep View可以补充缺失的侧链(但是,注意DeepView可能会在添加的侧链前加上特殊符 号,而且这些符号只能手工去掉!)这个pdb文件不存在侧链的缺失...
在进行能量最优化之前,我们先用GROMACS的预处理程序grompp处理所有输入文件。grompp预处理拓扑文件(.top),坐标文件(.gro)和一个参数文件(.mdp),然后输出一个二进制拓扑文件(.tpr)。这个二进制文件包含所有模拟需要的信息,利用这个文件即可以进行能量最优化和动力学模拟。
文件夹,分别命名为:“invacuo”“wet”和“ionwet”。 2 GROMACS 教程 fwspider的每个子文件夹中。 gromacs中文教程 来自淘豆网www.taodocs.com转载请标明出处. 文档信息 页数:21 收藏数:0 顶次数:0 上传人:陈潇睡不醒 文件大小:1.03 MB 时间:2021-03-26...
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中文教程 489 19/10 返回列表 首页 上一页 5 6 7 8 9 10 查看: 24533 | 回复: 488 只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏 在APP中查看 本帖产生 2 个 模拟EPI ,点击这里进行查看 相关版块...
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