Gromacs 作为分子动力学模拟的主流软件,以其高效、灵活和开源的特点,广泛应用于生物物理和生物化学领域。掌握 Gromacs 进行纯蛋白质体系模拟的流程非常必要。 纯标准蛋白质体系模拟流程 该流程包括蛋白质结构文件预处理(补链等),通过pdb2gmx建模以及加水加离子生成用于模拟的gro和top文件,能量最小化(em)、平衡模拟(nvt...
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
蛋白质的折叠和稳定性是生物学中的重要问题。通过Gromacs分子动力学模拟方法,可以模拟蛋白质在不同条件下的折叠过程和稳定性变化,揭示蛋白质的结构和功能之间的关系。 3.2 药物设计和筛选 药物的设计和筛选是药物研发过程中的关键环节。通过Gromacs分子动力学模拟方法,可以模拟药物与靶标蛋白的相互作用过程,预测药物的结...
在确保蛋白质没有杂原子且结构完整后,将其上传至计算平台,然后我们利用Gromacs开始进行动力学模拟,在此之前需要选择所使用的Gromacs版本,在北鲲云超算平台上可以使用的Gromacs如下: GROMACS/2019.6-fosscuda GROMACS/2020-foss-2019b GROMACS/2021-gromacs-cpu-new GROMACS/gromacs-5.1.5-gpu GROMACS/2019.6-intel-2019b...
Gromacs 是一款用于模拟生物大分子的软件,其核心是一个高效的分子动力学模拟程序。Gromacs 通过使用 GPU 加速来提高计算效率,目前 Gromacs 的 GPU 加速功能已经支持 NVIDIA、AMD 的 GPU 以及能够运行 OpenCL 程序的设备。为了让 Gromacs 能够在 MUSA 平台上运行,我们需要将 Gromacs 移植到 MUSA 平台上,从而实现利用...
分子动力学模拟 GROMACS入门教程, 视频播放量 2591、弹幕量 0、点赞数 88、投硬币枚数 46、收藏人数 305、转发人数 20, 视频作者 测试狗科研服务, 作者简介 材料测试丨模拟计算丨同步辐射丨生物实验 | 数据分析丨绘图润色丨埃加智能 | 服务+goxiaomei666,相关视频:动力学
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用，在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组，它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。分析氢键常用的命令为：gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg ...
最近在做蛋白与小分子复合物的动力学模拟,学习了Gromacs的用法,以此记录一下。这里贴出Gromacs的官方文档http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html,有兴趣的同学可以复现一遍。 0. Gromacs在Windows下的安装 打开http://sobereva.com/458网址,找到sobereva老师编译的版本,按需下载。这里我下载的是2020.6 CUD...
GROMACS(GROningen MAchine for Chemical Simulations)是一款通用软件,用于对具有数百万颗粒子的系统进行基于牛顿运动方程的分子动力学模拟。 GROMACS主要用于生物化学分子,如蛋白质、脂质等具有多种复杂键合相互作用的核酸分析。GROMACS计算典型的模拟应用,如高效地计算非键合相互作用,许多研究人员用其研究非生物系统的聚合物...
在进行Gromacs模拟时,还需要根据研究系统的需求选择一种适当的模拟方法。常见的模拟方法包括: 1.分子动力学模拟(MD):MD模拟基于牛顿运动定律,通过数值积分计算原子的运动轨迹。这种方法适用于研究系统在原子水平上的动力学行为,如构象转变、溶解、蛋白质折叠等。 2.蒙特卡洛模拟(MC):MC模拟基于随机采样和能量计算,通过...