Gromacs作为分子动力学模拟的主流软件,以其高效、灵活和开源的特点,广泛应用于生物物理和生物化学领域。掌握 Gromacs 进行纯蛋白质体系模拟的流程非常必要。 纯标准蛋白质体系模拟流程 该流程包括蛋白质结构文件预处理(补链等),通过pdb2gmx建模以及加水加离子生成用于模拟的gro和top文件,能量最小化(em)、平衡模拟(nvt...
Gromacs 在分子动力学领域犹如一位技艺精湛的大师，能够深入微观世界的每一个角落。无论是生物分子的复杂运作，还是材料结构的精细演变，它都能精准模拟。在生物医学领域，Gromacs 可模拟细胞膜上受体与配体的结合过程，细致分析结合时的分子构象变化以及能量传递，为药物研发提供关键的作用机制信息。在材料科学中，它可以...
GROMACS(全称:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格罗宁根化学模拟体系)是一套免费且开源的分子动力学模拟程序包,主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。基于算法上的优化,GROMACS效率很高。并且,GROMACS使用编译安装以...
🧬 蛋白点突变分子动力学模拟:探究突变对蛋白结构与功能的影响🌡️ 恒定PH分子动力学模拟:研究PH值对分子行为的影响🔗 分子对接:预测分子间的相互作用💊 药效团对接:探索药物与靶点间的相互作用📊 结果文件包含:相互作用模式分析、RMSD、RMSF、SASA、Rg,Hbond、结合自由能计算(MM-PBSA、MM-GBSA)、残基分解...
材料测试丨模拟计算丨同步辐射丨生物实验 | 数据分析丨绘图润色丨埃加智能 | 服务+goxiaomei666Win星流AI,一键解锁专属老婆 星流AI>> 接下来播放 自动连播 用一个案例快速入门分子动力学程序Gromacs的操作 _-小t-_ 1683 0 基于机器学习的分子动力学——计算模拟基础 测试狗科研服务 3451 1 XRD(X射线衍射仪...
北鲲云超算平台是前段时间小伙伴安利的,经过一段时间测试,效果还不错。只需要一台上网本就可以在短时间内完成动力学模拟所有内容,而且还预装了Gromacs在内的超多行业软件,实现了开箱即用,非常的灵活便捷。接下来,就正式进入今天的主题。 水中的溶菌酶 01 结构处理 ...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用，在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组，它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。分析氢键常用的命令为：gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg ...
今天我想和大家分享一下关于GROMACS分子动力学模拟的一些心得和技巧。作为一个在分子模拟领域摸爬滚打了不少年的老手,我觉得有必要把这些经验分享给大家,特别是那些刚开始接触GROMACS的小伙伴们。 GROMACS安装指南 🖥️ 首先,咱们得先搞定GROMACS的安装。这个其实不难,但确实需要一点耐心。我会详细讲解如何在Windows...
这些技术拓展了分子动力学模拟的应用领域,可以帮助研究者更深入地研究分子系统的性质和行为。 通过学习和应用这些高级模拟技术,我们可以进一步拓展分子动力学模拟的研究领域,提高模拟的准确性和可信度,并为解决实际科学问题提供有力的工具和方法。 希望本文对GROMACS分子动力学模拟软件的高级模拟技术有所帮助,为科研工作者...