需要注意的是，hbond程序使用几何准则来对氢键加以判定，当氢键供受体距离小于3.5埃且氢-供体-受体所成角度小于30度时，即认为其为一个氢键。而不同软件如VMD、PyMOL在默认情况下对于氢键的判定与Gromacs有所差异，所以如果使用不同的软件进行氢键分析，会获得不同的结果。相关链接：1. https：//www.gromacs.org/...
FEL在GROMACS中利用两个变量来进行表示,通常是分子的回旋半径和均方根误差(文献中常见的做法应当是首先做「主成分分析」,然后利用前两个主成分作为FEL的变量),GROMACS可以利用这两个变量来计算相应的自由能;在得到回旋半径、均方根误差、自由能三个维度的数据之后,即可以作图得到自由能形貌图。GROMACS得到的自由能通常...
执行RMSD分析的常用命令为: 数据结果记录在“rmsd.xvg”文件中,上述命令还通过“-tu”指定时间单位为“ns”,可以减少数据量,如果不指定,默认为“ps”; RMSD为相较于参考分子的变化值,一般参考分子为初始状态的构象,即轨迹的第一帧,也可根据需要进行调整。RMSD值越大,表明目标分子偏离参考分子的程度越大。此外,由...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构: gmx rmsf -s md_0_10...
在分子动力学模拟中，GROMACS是一个功能强大的工具。完成模拟后，结果分析是至关重要的一步。以蛋白-配体复合物为例，我们将介绍几种常用的结果分析方法。首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步。通常，模拟结束后，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性。执行以下命令即可校正...
配体径向分布：分析稳定时期配体到蛋白质表面的径向分布函数，获得配体到蛋白质表面的距离信息。利用 A 类型粒子与 B 类型粒子之间径向分布函数公式，计算稳定模拟最后 15ns 配体 1ZIN 到蛋白质表面的径向分布函数，并展示结果图。MD 蛋白配体势能：GROMACS 将分子间相互作用分为范德华和库伦作用，通过 ...
各位老师好，本人在使用Gromacs进行分子动力学模拟时，如何能得到如下图所示的蛋白质氨基酸残基与小分子的...
各位前辈，一般用哪些命令分析蛋白质受体与配体分子的相互作用啊，求指导 还有能不能看分子的哪些部分和...
GROMACS分子动力学专题共计3天,采用“理论+实操”模式,详细讲授GROMACS软件编译安装运行、生物分子体系模型的构建、系统性的结果分析方法,并对水溶性蛋白质、结合自由能、生物膜蛋白、药物分子开发溶剂筛选等大家感兴趣的内容进行深入的建模计算和分析,最后配合相关SCI文献中模拟的问题进行深入研究和学习。
GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程,完成分子动力学之后,更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。 1.周期性校正