氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用，在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组，它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。分析氢键常用的命令为：gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg ...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmxhbond-smd_0_10.tpr-fmd...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构: 4.叠合两结构并输出RMSD...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构: gmx rmsf -s md_0_10...
6.氢键分析氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond...