GROMACS视频教程 GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能...
分子动力学模拟 GROMACS入门教程, 视频播放量 2591、弹幕量 0、点赞数 88、投硬币枚数 46、收藏人数 305、转发人数 20, 视频作者 测试狗科研服务, 作者简介 材料测试丨模拟计算丨同步辐射丨生物实验 | 数据分析丨绘图润色丨埃加智能 | 服务+goxiaomei666,相关视频:动力学
需要注意的是，hbond程序使用几何准则来对氢键加以判定，当氢键供受体距离小于3.5埃且氢-供体-受体所成角度小于30度时，即认为其为一个氢键。而不同软件如VMD、PyMOL在默认情况下对于氢键的判定与Gromacs有所差异，所以如果使用不同的软件进行氢键分析，会获得不同的结果。相关链接：1. https：//www.gromacs.org/...
GROMACS视频教程 GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能...
GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程,完成分子动力学之后,更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。 1.周期性校正
第二步就是使用genion模块添加抗衡离子，将一些溶剂水分子替换为离子，输入以下命令：gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral 出现提示时，选择溶剂组“13（SOL）”。05能量最小化 在开始动力学模拟之前，我们需要保证体系的结构正常，几何构型合理，原子...
分子动力学模拟基本原理:给分子一个速度一个力,让分子受到分子间相互作用力动起来,跑起来,然后再给他一个环境,包含温度和压力,最后告诉分子应该根据哪个方程进行跑动,当分子跑到一个稳定的状态后,我们把记录下来的轨迹进行统计分析。 计算流程是怎么样的
在分子动力学模拟中，GROMACS是一个功能强大的工具。完成模拟后，结果分析是至关重要的一步。以蛋白-配体复合物为例，我们将介绍几种常用的结果分析方法。首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步。通常，模拟结束后，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性。执行以下命令即可校正...
在本教程中,我们将首先介绍蛋白质与小分子配体相互作用的基本原理和模拟的基本概念,为读者奠定理论基础。随后,我们将详细阐述模拟的具体步骤,包括结构准备(如蛋白质结构预测、小分子结构优化等)、相互作用模拟(如分子对接、分子动力学模拟等)以及结果分析(如相互作用能计算、轨迹分析等)。在每个步骤中,我们都会结合具体...
GROMACS视频教程 GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能...