溶菌酶 (Lysozyme)又称胞壁质酶 (Muramidase),存在于卵清、唾液等生物分泌液中,能够催化细菌细胞壁肽聚糖N-乙酰氨基葡糖和 N-乙酰胞壁酸之间的β-1,4 糖苷键的水解。当与带负电荷的病毒蛋白相互结合时,溶菌酶能够与 DNA、RNA、脱辅基蛋白形成复盐,这种复盐可使病毒失去活力。蛋清溶菌酶是目前研究最为...
注意,此时工作目录产生三个新的文件:1AKI_processed.gro、topol.top以及posre.itp;1AKI_processed.gro是Gromacs的结构文件格式,包含力场中定义的所有原子,topol.top是体系的拓扑文件,posre.itp中包含了用于限制重原子位置的信息。 03定义盒子并溶剂化 我们模拟一个简单的蛋白水溶液体系,可在适当的情况下模拟其他不同...
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