常用命令为: 通过以上命令,叠合的两个结构会写入至“fit.pdb”文件中。 5.分子动力学轨迹聚类聚类(Clustering)是按照某个特定标准(如距离)把一个数据集分割成不同的类或簇,使得同一个簇内的数据对象的相似性尽可能大,同时不在同一个簇中的数据对象的差异性也尽可能地大。 在分子动力学中,可以依据RMSD对轨迹...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构: gmx rmsf -s md_0_10...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmxhbond-smd_0_10.tpr-fmd...
6.氢键分析氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: 通过以上命令可输出hbond_ac.xvg、hbond_life.xvg、hbond_num.xvg文件。其中: ...
在Gromacs中,导出固定帧十分容易,常用命令如下: gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -o first.pdb -dump 0 以上命令可输入轨迹中的第一帧,即0 ps时的结构,通过“-dump”可指定时间,单位为ps。 2.间隔固定时间导出帧 除了单帧导出外,可能还需要间隔帧导出,比如制作分子动力学轨迹动画...