自由能形貌(free energy landscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RMSD和Rg,也有文献中用主成分分析PC1和PC2绘制。本文以RMSD和Rg两个特征量绘制为例。 1. 获得蛋白质骨架的RMSD和Rg数据rmsd.xvg和rg.xvg。 对rmsd.xvg和rg.xvg文件进...
上面的命令执行之后,得到gibbs.xpm文件即为自由能形貌图。 4. 用origin绘制自由能形貌图 xpm文件可以通过多种方式查看,这里我们利用xpm2all.bsh脚本将xpm文件转换为3列数据的文本文件。 将得到的数据复制到Origin中绘图。 可根据实际需要进行平滑处理绘图,此外还可以绘制3维的自由能形貌图。利用主成分分析绘制自由能...
上面的命令执行之后,得到gibbs.xpm文件即为自由能形貌图。 4. 用origin绘制自由能形貌图 xpm文件可以通过多种方式查看,这里我们利用xpm2all.bsh脚本将xpm文件转换为3列数据的文本文件。 将得到的数据复制到Origin中绘图。 可根据实际需要进行平滑处理绘图,此外还可以绘制3维的自由能形貌图。利用主成分分析绘制自由能...