描述 gmxgrompp(gromacs预处理程序)读取分子拓扑文件,检查文件的有效性,将拓扑结构从分子描述扩展为原子描述。拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息,预处理器会根据需要复制每个分子。对分子类型的数量没有限制。键和键角可以分别转换为氢和重原子的约束。然后,读取坐标文件,并且可以根据需要从麦克斯韦分布中生成速度。
描述 gmxgrompp(gromacs预处理程序)读取分子拓扑文件,检查文件的有效性,将拓扑结构从分子描述扩展为原子描述。拓扑文件包含有关分子类型和分子数量的信息,预处理器会根据需要复制每个分子。对分子类型的数量没有限制。键和键角可以分别转换为氢和重原子的约束。然后,读取坐标文件,并且可以根据需要从麦克斯韦分布中生成速度。
1 某个溶质分子和它的镜像分子之间原子最近距离不能小于非键作用的cutoff，否则就有虚假的自己和自己作用...
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V. GROMACS: A Message-Passing Parallel Molecular Dynamics Implementation. Comput. Phys. Commun. ... L Verlet,JJ Weis - 《Molecular Physics》 被引量: 210发表: 1972年 A comparative atlas of zooplankton : biological patterns in the oceans / S. van der Spoel and R.P. Heyman Biological ...
ramd 是啥？全称?
g(r)跟配位数完全是两码事，做积分得到的配位数曲线才体现不同r内的配位数。g(r)仅体现r的薄壳层...
在用Amber做MD时出现问题，显示的是FATAL:Atom .R<VAL 231>.A<HN 17> does not have a type....