注意，此时工作目录产生三个新的文件：1AKI_processed.gro、topol.top以及posre.itp；1AKI_processed.gro是Gromacs的结构文件格式，包含力场中定义的所有原子，topol.top是体系的拓扑文件，posre.itp中包含了用于限制重原子位置的信息。03定义盒子并溶剂化 我们模拟一个简单的蛋白水溶液体系，可在适当的情况下模拟其他不...
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