在GROMACS中进行模拟续跑时,主要涉及到的是使用已保存的检查点文件(checkpoint file)或重启文件(restart file)来继续之前的模拟。以下是进行GROMACS续跑的一些步骤和注意事项: 确认输入文件齐全: 确保你拥有.tpr(topology and run parameter file,拓扑和运行参数文件),这是GROMACS模拟的必需文件,包含了模拟的所有设置...
求助，请问各位大佬，关于gromacs的续跑问题 在跑完md1的基础上，想再跑5ns，可以不用上述方法，gmx ...
Gmx续算分为两种情况:意外中断续算和正常结束追加模拟时间 意外中断续算: 中断前作业提交命令:gmx mdrun -deffnm xxx 中断后续算:在同一个文件夹下运行:gmx mdrun -s xxx.tpr -cpi xxx.cpt -deffnm xxx mdrun默认将新产生的轨迹添加到原始文件末尾,最终文件包括续跑前与续跑后的所有内容。 正常结束追加模拟...
官方解决方案：http://manual.gromacs.org/current/user-guide/managing-simulations.html 举个例子，如果...
请问因服务器断电导致Amber分子动力学模拟运算中断，如何续跑，续跑的轨迹文件和原来的轨迹文件如何连接。
跑模拟总要遇到续跑的问题,因为经常会由于网络或服务器的原因导致模拟中断。gromacs中续跑的指令是 mdrun -s *.tpr -cpi。 有时也会因为初始设定的模拟时间...
由于断电，任务中断，重启服务器后续跑出现如下报错：Software inconsistency error: pme_loadbal_do calle...
各位老师同学大家好，我首先使用gromacs进行了20ns的模拟，然后看了体系的rmsd，发现没有平衡（如图三）...
由于断电，任务中断，重启服务器后续跑出现如下报错：Software inconsistency error: pme_loadbal_do calle...
log、xtc、edr文件换位置了，trr删除了，可以加命令使Gromacs找到新位置的文件吗 使用的命令如下：gmx ...