Intro gmx energy能够计算的分子间相互作用主要分为两块:范德华相互作用和库伦相互作用。其中范德华相互作用随距离的增加而衰减很快,因而可以认为是一种短程的相互作用;而库伦相互作用随距离的增加而衰减较慢,…
From energy sourcing to the supply chain, sustainability remains a key factor in our decision-making process. Through the use of green energy, we minimize our CO₂ emissions. We also continuously improve the efficiency of our data centers. New servers are built with the most energy-efficient ...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值 gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量 2.3. 结构间的距离 gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵 gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子 ...
echo19 0 | gmx energy-fener.edr-odensity.xvg echo“15n16n17 0” | gmx energy-fener.edr-obox.xvg 逐个查看这些文件, 观察对应数值的收敛情况. 如果有的数值没有收敛, 这意味着模拟还没有达到热力学平衡状态, 必须延长模拟时间才能进行进一步的分析. 此外, 达到平衡前的过程是不能用于分析的. 这里, 为...
gmx energy [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-viol [<.xvg>]] [-pairs [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]] [-vis [<.xvg>]] [-evisco [<.xvg>]] [-eviscoi [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-[no...
指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已 18、经有了,我们还是需要...
1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为...
gmx energy -f ieA.edr -o ieA.xvg 接着算第二个小分子与聚合糖的相互作用，把ie.mdp中的r_27...
第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上搜索,下载一个em.mdp文件,见图5所示。这里从JustinLemkul的个人教程中下载。下载地址为: http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(...