1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为...
去掉-nmol选项之后，Total Energy + pV = Enthalpy的关系式确实可以直观的看到了。关于老师的建议：一是...
我们必须使用-nmol选项明确指定体系中的分子数目(你可以查看拓扑文件的最后部分获知体系中分子的总数). 这样energy就可以自动计算热容并在输出部分的最后报告这个值. 更多细节请参考手册D.29.
gmxenemat- 从能量文件中提取能量矩阵 gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值 gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量 2.3. 结构间的距离 gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵 gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨...
第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上搜索,下载一个em.mdp文件,见图5所示。这里从JustinLemkul的个人教程中下载。下载地址为: http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。
第五步:进行能量最小化(Energy Minimization)。在网上搜索,下载一个em.mdp文件,见图5所示。这里从JustinLemkul的个人教程中下载。下载地址为: http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/Files/ions.这时候em.mdp(参数文件)、CO2-spce.gro(坐标文件)以及topol_spce.top(...
用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列. wall-r-linpot: –1 [nm] 与墙的距离在此值以下时, 势能线性连续, 因此力为常数. 当一些原子超过墙时, 将此选项设置为正值对平衡...
1: The total non-polar solvation free energy is modeled as a single term linearly proportional to the solvent accessible surface area. If inp = 1, use_sav must be equal to 0.2: The total non-polar solvation free energy is modeled as two terms: the cavity term and the dispersion term....