1.请问 静电相互作用能是指选项5，范德华相互作用能是指选项6吗 2.静电相互作用能是指选项7+选项8...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。
图1:CO 2 .pdb的脚本 注意:不要随意去修改pdb的格式,他的格式每列都是有特殊含义的。文本.pdb的坐标单位是angstrom, 而文本.gro的坐标默认单位是nm,千万牢记! 第二步:创建CO 2 的力场。其实这部分是初学者最需要学习的。我喜欢建立一个CO2.itp,这样的好处 是:清爽简洁。我选择OPLS-AA力场作为主要力场。由...
先利用指令:g_energy-fnpt.edr-odensity.xvg了解密度的波动,然后选择合适的计算范围。比如CO2在H2O的npt后得到密度波动见图1,我们发现40ps后密度相对比较稳定,于是从40ps到100ps做个平均值。 然后利用指令:g_energy-fnpt.edr-b 40 -e 100 -o density2.xvg,屏幕中自动会帮你计算平均值,比如密度是986.168 g/...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是: g_energy-fem.edr-opotential.xvg 根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 图7:能量最小化势能曲线 第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已经有了,...
先利用指令:g_energy-fnpt.edr-odensity.xvg了解密度的波动,然后选择合适的计算范围。比如CO2在H2O的npt后得到密度波动见图1,我们发现40ps后密度相对比较稳定,于是从40ps到100ps做个平均值。 然后利用指令:g_energy-fnpt.edr-b 40 -e 100 -o density2.xvg,屏幕中自动会帮你计算平均值,比如密度是986.168 g/...