准备做一个模拟：将不同质子状态化（不同PH）的某一蛋白放置于小分子水溶液（体系好多小分子模拟开始时...
1.接下来阐述我的具体操作：1-a:生成F3 的 top文件使用的是sobtop程序，RESP电荷按照高斯+Multiwfn生成...
Intro gmx energy能够计算的分子间相互作用主要分为两块:范德华相互作用和库伦相互作用。其中范德华相互作用随距离的增加而衰减很快,因而可以认为是一种短程的相互作用;而库伦相互作用随距离的增加而衰减较慢,…
vmd是将视频一帧一桢形成图片格式输出然后再在另一个软件中组成一个动画因此图片就是你一会做动画的来源既然图片选择snapshot快照那也就是说你必须将动画置于窗口而不能最小化否则相当于无法截第四步 科研笔记1:Gromacs安装 以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装...
distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.该如何解决？可以忽略，继续...
Environmentally conscious hosting GMX is committed to the responsible use of resources and reducing our environmental impact. From energy sourcing to the supply chain, sustainability remains a key factor in our decision-making process. Through the use of green energy, we minimize our CO₂ emissions...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
gmx sasa computes solvent accessible surface areas. See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem.
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Re: [gmx-users] Converting a tpr file to an older version of gromacs Mariem Ghoula [gmx-users] Concatenating trajectories Pandya, Akash Re: [gmx-users] Concatenating trajectories Qinghua Liao Re: [gmx-users] Concatenating trajectories Mark Abraham ...