gmxview- 在 X-Windows 终端显示轨迹 2.结果分析命令 2.1. 分析轨迹gmxgangle- 计算角度 gmxdistance- 计算两个位置之间的距离 gmxfreevolume- 计算自由体积 gmxsasa- 计算溶剂可及表面积 gmxselect- 打印选区的通用信息 2.2. 处理能量 gmxenemat- 从能量文件中提取能量矩阵 gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显...
利用gmx energy命令从edr文件中得到LJ-SR、Coulomb-SR、Disper.corr.和Coul.recip.四项能量。 对三个体系都执行了上面的四步之后,就可以根据相互作用的定义,计算蛋白配体之间的相互作用了。 下面给出我常用的执行这一过程的脚本: ## shell scripts for energy extract: PME echo " === extract the prolig ener...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
热力学数据, 包括温度, 压力, 势能, 动能, 晶胞体积, 密度以及盒子大小等. 这些量中的大多数已经在前面的准备步骤阶段检查过了. 能量分析使用energy命令进行, 该程序读入能量文件, 也就是模拟过程中生成的扩展名为.edr的文件. energy命令会提示需要从能量文件中抽取哪些项, 并为其生成一个图形. 使用下面的命令...
1: The total non-polar solvation free energy is modeled as a single term linearly proportional to the solvent accessible surface area. If inp = 1, use_sav must be equal to 0.2: The total non-polar solvation free energy is modeled as two terms: the cavity term and the dispersion term....
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gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cpcomplex.top -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md-nopbc.xtc -o energy.dat -dodecomp.csv -nogui && gmx_MMPBSA --clean 命令中的1和13分别是Protein组(受体)和JZ4组(配体),请...
然后运行以下命令 gmxdo_dssp-f-s-osecondary-structure.xpm-scsecondary-structure.xvg secondary-structure.xvg文件包含一个时间序列, 列出了每帧中与每一二级结构类型相关的残基数目. 更多的细节在.xpm文件中, 它使用颜色编码了每个残基在一段时间内的二级结构. .xpm文件可以使用类似Gimp的程序查看, 但可以使用GRO...
先在md.mdp中添加一行energygrps=pectin(我的聚合糖醛酸) r_27（我的小分子），接着输命令 ...
一般计算interaction energy，都是设置tc_grp，然后rerun轨迹，gmx energy提取LJ和Coul进行计算。但是一个...