Intro gmx energy能够计算的分子间相互作用主要分为两块:范德华相互作用和库伦相互作用。其中范德华相互作用随距离的增加而衰减很快,因而可以认为是一种短程的相互作用;而库伦相互作用随距离的增加而衰减较慢,…
比如说我现在有1000个水的盒子，跑完之后用energy抽出potential，单位是KJ/mol，这是否意味着给出的结果...
1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子 gmxgenrestr- 生成索引...
total-energy，potential，kinetic En等数据来自gmx energy；倒数第二列的δG和δA数据来自gmx energy -...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是: g_energy-fem.edr-opotential.xvg 根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 图7:能量最小化势能曲线 第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已经有了,...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已 18、经有了,我们还是需要...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是: g_energy-fem.edr-opotential.xvg 根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 图7:能量最小化势能曲线 第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已经有了,...
Energy decomposition scheme to use:1: Per-residue decomp with 1-4 terms added to internal potential terms2: Per-residue decomp with 1-4 EEL added to EEL and 1-4 VDW added to VDW potential terms3: Pairwise decomp with 1-4 terms added to internal potential terms4: Pairwise decomp with ...
Potential Energy = -4.9011588e+05 Maximum force = 9.3080109e+02 on atom 160 Norm of force = 7.3772133e+01 then I do I-bfgs, Low-Memory BFGS Minimizer converged to machine precision in 175 steps, but did not reach the requested Fmax < 100. ...