Intro gmx energy能够计算的分子间相互作用主要分为两块:范德华相互作用和库伦相互作用。其中范德华相互作用随距离的增加而衰减很快,因而可以认为是一种短程的相互作用;而库伦相互作用随距离的增加而衰减较慢,…
energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为一组，并命名为F3，在energy列表...
将重跑得到的edr文件使用gmx energy计算相互作用能，再统计时间-距离关系，整理得到相互作用能-距离的...
本分析的最后一步是计算自由能形貌(FEL, free energy landscape), 它由不同多肽构象开始的轨迹采样所得. 除了看起来很酷以外, 它能显示出 在整个模拟过程中多肽所经历的自由能的谷和丘. 此外, 在对接计算中需要选择有代表性的结构时, FEL会变得更有意义. FEL表示一个映射, 分子在模拟过程中所经历的所有可能...
inp (Default = 2) 计算非极性溶剂自由能的方法1: The total non-polar solvation free energy is modeled as a single term linearly proportional to the solvent accessible surface area. If inp = 1, use_sav must be equal to 0.2: The total non-polar solvation free energy is modeled as two te...
模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量随时间变化的图. gmxenergy-fprotein-NVT-PR1000.edr-othermodynamics-NVT-PR1000.xvg 运行上面的命令后, 会提示你一系列能量项以供选择, 所选能量项的结果...
用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列. wall-r-linpot: –1 [nm] 与墙的距离在此值以下时, 势能线性连续, 因此力为常数. 当一些原子超过墙时, 将此选项设置为正值对平衡...
①我能不能用gmx energy计算的相互作用能作为评定指标 ②单小分子和蛋白质的复合物一般都是用MPBSA诸如...
差不多是我在GROMACS中通过设置energygrps能量组后用gmx energy命令提取的配体-受体的短程库仑相互作用能...
gmx_qk工作流程生成各种输出文件,包括full_energy_corrected.csv和final_contrib_corrected.csv,其中包含结合能的能量计算和每个残基的贡献。在MD模拟或基于MM/PBSA的能量计算完成后,该工具生成一个包含所有生成文件的tar文件,可以使用另一个名为gmx_trj_qk的bash工作流程进行轨迹分析。 b. 详细的实验结果: 使用gmx_...