gmx energy -f prolig.edr -o prolig.xvg 在执行完上面的脚本之后,会得到3个记录了能量的xvg文件:prolig.xvg、pro.xvg、lig.xvg。每个文件里面包含了四列随模拟时间变化的能量:LJ-SR、Disper.corr.、Coulomb-SR、Coul.recip.。 这里得到的能量都是对应体系的总能量,接下来我们只需要简单计算一下就可以得到...
1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为...
gmx energy 计算出的能量是不是不具有代表性，我计算了两组物质，一组是带异种电荷的分子，一组是中性...
gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值 gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量 2.3. 结构间的距离 gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵 gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子 2.4. 结构性质 gmxanado...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是: g_energy-fem.edr-opotential.xvg 根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 图7:能量最小化势能曲线 第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已经有了,...
看看总能量, 势能和动能的变化会很有趣. 在前一步, 粒子没有速度, 所以没有动能, 因此也没有温度. 现在, 模拟一开始, 原子就被赋予速度因此获得了动能. 模拟过程中的能量信息被保存在不可读的(二进制)文件中, 其扩展名为.edr. 该文件中的信息可用gmx energy命令提取. 绘制体系的温度, 势能, 动能和总能量...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是: g_energy-fem.edr-opotential.xvg 根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 图7:能量最小化势能曲线 第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。最后两个已经有了,...
也可以从热力学性质的涨落计算体系的热容. 为此, 除体系温度外, 还必须从.edr能量文件中抽取焓(NPT系综)或总能量Etot(NVT系综)的值. 进一步, 我们必须使用-nmol选项明确指定体系中的分子数目(你可以查看拓扑文件的最后部分获知体系中分子的总数). 这样energy就可以自动计算热容并在输出部分的最后报告这个值. 更多细...
用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列. wall-r-linpot: –1 [nm] 与墙的距离在此值以下时, 势能线性连续, 因此力为常数. 当一些原子超过墙时, 将此选项设置为正值对平衡...