gmx energy -f prolig.edr -o prolig.xvg 在执行完上面的脚本之后,会得到3个记录了能量的xvg文件:prolig.xvg、pro.xvg、lig.xvg。每个文件里面包含了四列随模拟时间变化的能量:LJ-SR、Disper.corr.、Coulomb-SR、Coul.recip.。 这里得到的能量都是对应体系的总能量,接下来我们只需要简单计算一下就可以得到...
直接用gmx energy得到的两个组之间的相互作用能仅仅是MM部分，PBSA体现的溶剂效应对结合自由能有至关重要...
1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为...
可以通过g_energy来计算出势能变化。指令是:g_energy -f em.edr -o potential.xvg根据屏幕提示然后选择,可以画出势能曲线。 & 17、#160; 图7:能量最小化势能曲线第七步:进行NPT平衡模拟(Equilibration)。和第五步一样,我们同时也需要npt.mdp(参数文件)、em.gro(坐标文件)以及topol-spce.top(拓扑文件)。
gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值 gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量 2.3. 结构间的距离 gmxcluster- 对结构进行团簇分析 gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵 gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子 ...
inp (Default = 2) 计算非极性溶剂自由能的方法1: The total non-polar solvation free energy is modeled as a single term linearly proportional to the solvent accessible surface area. If inp = 1, use_sav must be equal to 0.2: The total non-polar solvation free energy is modeled as two te...
g_energy -f em.edr -o potential.xvg 根据 幕提示然后记记,可以 出记能曲记。 屏画 记7:能量最小化记能曲记 第七步:记行NPT 平衡模记(Equil i bration)。和第五步一记,我记同记也需要npt.mdp( 文件) 参数 、 em.gro(坐记文件)以及topol-spce.top(拓 文件)。最后 已记有了,我记记是需要 上...
成功结束后,总能量输出在energy.dat文件中,使用文本编辑器打开即可见到下图所示内容。其中ΔTOTAL是我们需要的结合自由能,其他以Δ开头的是各个能量项。 能量单位是kcal/mol,温度是 298.15 K。 SD和SEM分别为标准偏差和平均值标准误差,SD(Prop...
GROMACS提供了一个dssp的接口, 可以计算轨迹中每帧的二级结构. 首先, 需要生成消除跳跃的轨迹 gmxtrjconv-f-o-pbcnojump-dt50 然后运行以下命令 gmxdo_dssp-f-s-osecondary-structure.xpm-scsecondary-structure.xvg secondary-structure.xvg文件包含一个时间序列, 列出了每帧中与每一二级结构类型相关的残基数目. ...