RNA-seq数据分析:FeatureCounts是RNA-seq数据分析中的关键工具,用于从高通量测序数据中获得基因或转录本的计数信息。它可以将reads根据其在基因或转录本上的映射位置进行计数,生成计数矩阵,为后续的差异表达分析、基因表达量比较等定量分析提供基础数据。 ChIP-seq数据分析:除了RNA-seq,FeatureCounts也可用于ChIP-seq等测序...
在定量的时候,支持对单个feature定量(对外显子定量),也支持对meta-feature进行定量(对基因进行定量)。当reads比对到2个或者以上的features时,默认情况下,featureCounts在统计时会忽略到这部分reads,如果你想要统计上这部分reads,可以添加-O参数,此时一条reads比对到多个feature,每个feature定量时,都会加1。对于meta-featu...
featureCounts我们粉丝都耳熟能详了,我们转录组流程介绍的对比对后的bam文件基于基因注释文件定量的首选软件,用法非常简单,关键是速度飞快,吊打htseq-counts几条街,而用DEXSeq分析可变剪切,外显子差异表达呢,我们以前也分享过用法,那个时候是使用示例的表达矩阵。 用DEXSeq分析可变剪切,外显子差异表达 回顾一下featureCount...
featurecounts参数 featurecounts是一种常用的基因及转录本计数工具,可以统计RNA-seq测序数据中的基因和转录本的表达量。在使用featurecounts时,需要设置一些参数以使其能够正确地执行。下面是一些常见的featurecounts参数及其含义: 1. -t <feature_type>:设置要计数的特征类型,如gene、transcript、exon等。默认为gene。 2...
FeatureCounts的用法包括输入参数设置、数据准备、运行命令和结果解读等步骤,下面将对其用法进行详细介绍。 1. 输入参数设置 在使用FeatureCounts进行基因表达计数分析时,首先需要设置输入参数。针对不同的测序数据类型和实验设计,FeatureCounts提供了多种参数可供选择。用户可以设置对单端或双端数据进行处理,还可以选择是否考虑...
featureCounts \-t exon \-g gene_id \-a annotation.gtf \-o counts.txt \ library1.bam library2.bam library3.bam -a参数指定的区间注释文件,默认是gtf格式;-T参数指定线程数,默认是1;-t参数指定想要统计的feature的名称,取值范围是gtf 文件中的第3列的值,默认是exon;-g参数 指定想要统计的meta-featu...
featurecounts软件的安装 001、 官网:https://subread.sourceforge.net/ 下载: 02、解压 tar -xzvf subread-2.0.5-Linux-x86_64.tar.gz 03、进入以下目录: cd subread-2.0.5-Linux-x86_64/ 04、调用测试 ./featureCounts
conda install -c bioconda featurecounts 这里,-c bioconda 指定了从Bioconda频道安装featurecounts,因为Bioconda是专门为生物信息学软件提供conda包的频道。 确认安装过程中的选项: 在安装过程中,conda可能会提示你确认某些选项,如是否继续安装。通常,你可以直接按回车键确认默认选项。 等待安装完成: 安装过程可能需要...
分析参数指的是FeatureCounts进行基因表达分析时所使用的统计方法和计数方法等。在FeatureCounts中,分析参数有以下几个: -s或--strandness。指定测序方向。默认为0(自动检测),1(反义链),2(正义链)。 -m或--minOverlap。指定reads与特征的最小重叠长度。默认为1(至少有1个碱基重叠)。 -M或--maxOverlap。指定read...
FeatureCounts是一个用于基因表达分析的工具,主要用于对RNA-Seq数据进行计数。它可以计算每个基因或转录本在给定样本中出现的读取次数,从而评估基因的表达水平。 countReadPairs可能是一个用于计算成对读取数量的函数或工具。成对读取通常是指在测序过程中同时测量的两个互补DNA链的读取。通过计算成对读取的数量,可以获得...