使用GitHub代码对gtf文件进行预处理: which python which pip pip install HTSeq cd ~/biosoft/Subread_to_DEXSeq python dexseq_prepare_annotation2.py -f out_gv32.gtf gencode.v32.annotation.gtf out_gv32.gff 速度很快,得到的文件如下: 这个时候,需要记住的是,gtf文件可以被featureCounts用来定量,而后缀为...
https://www.jianshu.com/p/b8f480a68cae 原来是把人家写好的轮子看错了,https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 修改后的gtf走featureCounts 首先需要格式化我们的 gencode.v37.annotation.gtf 文件,代码如下: cd $HOME/rna/SUPPA2/ref git clone https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq pi...
官网提供的是HTseq-count软件的结果转为DEXSeq输入的脚本,因为HTseq-count软件速度实在是不敢恭维,我还是想使用featurecounts。虽然它并没有DEXSeq输入的接口,但是简单谷歌,就可以搜得到解决方法;https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 其实就是因为它需要不一样的gtf文件和gff文件。 安装GitHub插件处理gencode...
# install mamba conda install -y -c conda-forge mamba # create the directory mkdir snakemake cd snakemake git clone https://github.com/erwinQiao/rna-seq-hisat2-deseq2.git # if you canot use git, you can download the rna-seq-hisat2-deseq2.zip and unzip it. # or you can git ...
原来是把人家写好的轮子看错了,https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 修改后的gtf走featureCounts 首先需要格式化我们的 gencode.v37.annotation.gtf 文件,代码如下: cd$HOME/rna/SUPPA2/ref git clone https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq ...
官网提供的是HTseq-count软件的结果转为DEXSeq输入的脚本,因为HTseq-count软件速度实在是不敢恭维,我还是想使用featurecounts。虽然它并没有DEXSeq输入的接口,但是简单谷歌,就可以搜得到解决方法;https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 其实就是因为它需要不一样的gtf文件和gff文件。
我们嫌弃HTseq-count软件运行速度太慢,所以才想着featureCounts,所以一切都得使用https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 的脚本了。 conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf ...
原来是把人家写好的轮子看错了,https://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq 修改后的gtf走featureCounts 首先需要格式化我们的 gencode.v37.annotation.gtf 文件,代码如下: cd$HOME/rna/SUPPA2/ref gitclonehttps://github.com/vivekbhr/Subread_to_DEXSeq ...
Snakemake version 7.18.2 Wrapper version v1.19.2/bio/subread/featurecounts Describe the bug Using theSubread - Feature CountsSnakemake wrapper failed, due to Conda environment error during set-up. Logs Building DAG of jobs... Creating conda environment https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers...
下载安装: https://sourceforge.net/projects/subread/files/ 解压完成即可使用,可执行程序在bin目录 wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz tar -zxvf subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz ...