总之,不管对于feature 还是meta-feature,只有比对多个不同的区间时,才会分别计数。 一、软件下载及安装: 首先是官方网站 https://sourceforge.net/projects/subread/ http://subread.sourceforge.net 下载subread-2.0.3-Linux-x86_64.tar.gz压缩文件,tar -zxvf进行解压,进入bin/目录,目录下featureCounts就可直接运行...
featureCount是subread软件包里的一个命令,所以安装subread即可。而subread又有命令行版和R版,有服务器,自然选择命令行版了。 featureCounts,有两个核心概念: Feature:指的是基因组区间的最小单位,比如exon; Metafeature:可以看做是许多的feature构成的区间,比如属于同一个gene的外显子的组合。 在定量的时候,支持对...
001、 官网:https://subread.sourceforge.net/ 下载: 02、解压 tar -xzvf subread-2.0.5-Linux-x86_64.tar.gz 03、进入以下目录: cd subread-2.0.5-Linux-x86_64/ 04、调用测试 ./featureCounts
基本表达式 featureCounts [options] 参数说明 使用示例: $ /home/software/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a/path-to-gtf/ERCC.gtf-o /path-to-output/all.id.txt*.bam1>counts.id.log 2>&1 链接:https://www.jianshu.com/p/9cc4e8657d62 链接:htt...
featureCount是subread软件包里的一个命令,所以安装subread即可。而subread又有命令行版和R版,有服务器,自然选择命令行版了。 featureCounts,有两个核心概念: Feature:指的是基因组区间的最小单位,比如exon; Metafeature:可以看做是许多的feature构成的区间,比如属于同一个gene的外显子的组合。
/public/XXX/biosoft/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts 运行后出现了帮助文档,就是代表安装成功可以使用 写入环境,直接调用 vi ~/.bashrc export PATH=/public/XXX/biosoft/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/:$PATH source ~/.bashrc featureCounts -h #出现帮助文档即安装完成 ...
conda install -c bioconda featurecounts 这里,-c bioconda 指定了从Bioconda频道安装featurecounts,因为Bioconda是专门为生物信息学软件提供conda包的频道。 确认安装过程中的选项: 在安装过程中,conda可能会提示你确认某些选项,如是否继续安装。通常,你可以直接按回车键确认默认选项。 等待安装完成: 安装过程可能需要...
一、软件下载与安装 首先访问subread官方网站获取下载链接：<a href="sourceforge.net/project...和subread官网：
featureCount是subread软件包里的一个命令，所以安装subread即可。而subread又有命令行版和R版，有服务器，自然选择命令行版了。featureCounts ，有两个核心概念： Feature: 指的是基因组区间的最小单位，比如exon; ...
运行这个软件就是带上全部路径 /public/vip/biosoft/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts 运行后出现了帮助文档,就是代表安装成功可以使用 运行后出现的说明书 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 日记本 更多精彩内容,就在简书APP