使用conda创建rna小环境: 代码如下: conda create -n rna conda activate rna conda install -y trim-galore # python-3.7.9 | 57.3 MB, openjdk-10.0.2 | 189.2 MB conda install -y star hisat2 bowtie2 # 没有其它依赖 conda install -y subread bedtoolsdeeptoolsconda install -y salmon=1.4.0 co...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 复制 conda install featureCounts 二、输入数据 代码语言:javascript 复制 1、输入的数据有两类,一类是SAM/BAM文件,另一类是GTF/GFF/SAF,其中SAM/BAM可以输入一个或多个 2、SAM/BAM文件和GTF/GFF/SAF文件需要来自同一个参考基因组,即必须参考基因组和GTF/GFF/SAF...
一、软件安装 使用conda安装 conda install featureCounts 二、输入数据 1、输入的数据有两类,一类是SAM/BAM文件,另一类是GTF/GFF/SAF,其中SAM/BAM可以输入一个或多个 2、SAM/BAM文件和GTF/GFF/SAF文件需要来自同一个参考基因组,即必须参考基因组和GTF/GFF/SAF文件来自同一个网站,同一个版本 3、SAM/BAM主要提...
在基因层面的count计数的工具:Htseq-count,feature-count 1、Htseq-count 官网 https://htseq.readthedocs.io/en/release_0.11.1/count.html 它数count的模式 从它的第七种情况看出来:它没有办法解决基于转录本的定量,转录本存在可变剪接,这种overlap的情况很容易出现。 安装Htseq-count conda install htseq ht...
conda install -c bioconda bioconductor-edger#用了rpkm()函数算的FPKM 脚本使用 -i, --input_path指定含有featurecounts结果的文件夹 -p, --pattern用R中正则指定文件pattern。建议直接将featurecounts的结果文件后缀写为.count,类似``.count` 格式,这个选项用默认的就可以了。
conda install -y salmon=1.4.0 conda install -y -c bioconda suppa 下载参考转录组fasta序列文件然后使用hisat2构建index文件 这里我们直接使用服务器现成的hisat2的index文件 (其实就是hisat2官网下载的,无需自己构建) $ ls -lh /home/data/server/reference/index/hisat/hg38/ |cut -d" "-f 5- ...
GFF文件转化为GTF并用于featureCounts计数 有时候进行比对的物种没有GTF文件,需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数,这时需要用到gffread这个软件,进行以下操作: conda install -y -c bioconda gffread gffread genomic.gff -T -o genomic.gtf
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf featureCounts-f-O-p-T4-FGTF\-a ok.gtf \-o test.txt../star/SRR2016941.bam-o npc2_fCount.out.txt../star/*bam 1>counts.id.log ...
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf#gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtffeatureCounts-f-O -p -T4-F GTF \-aok.gtf \ -o test.txt ../star/SRR2016941.bam ...
当然实验目的若只需要定量已知基因，也可以选择free-alignment 的流程工具如kallisto/Salmon/Sailfish，其...